先进技术的植物病原体诊断

描述

众多的基于PCR诊断技术在现代植物病理学是可用的。研究人员应该有一个目标序列的概念,可用于DNA化验检测和识别植物病原体。因此,植物病原体基因组测序所产生的数据必须是可访问的。由于引物确保PCR的特异性,它们必须正确选择和设计的PCR分析才能成功。选择引物PCR诊断是最初的一步。

因为病毒的基因组和病毒通常小,综合相关引物测序数据和现成的数据库。细菌的基因组,卵菌和真菌获得了更少的信息,尽管事实上的数据量正在扩大。一般方法选择特定已知DNA目标块可用于这些疾病,和程序开发了基于筛选随机的DNA片段。

DNA编码核糖体RNA (rDNA)通常采用作为目标序列在细菌中,卵菌和真菌。rDNA适用于诊断由于诸多因素的影响。每个单元包含了许多份rDNA,提高检测灵敏度。存在于所有生物的基因和高度保守的5.8年代地区,允许rDNA普遍使用。与此同时,其他部分,如内部转录间隔区(ITS)地区,非常变量。

守恒的部分可以用来创建通用引物组识别微生物在一个分类单元(所有卵菌、真菌或细菌),而变量的存在区域允许竞争,压力,和隔离分化。β-微管蛋白基因,与杀菌剂抵抗,是另一个目标序列用于真菌检测。目标通常是来自DNA片段中发现细菌质粒和致病性相关基因。

随机扩增多态性DNA PCR (RAPD-PCR),也称为任意启动聚合酶链反应,是一种程序利用当目标核酸序列是不确定的(AP-PCR)。RAPD-PCR通常用于研究DNA多态性基因映射,和人口,进化生物学,单独或结合RFLP。对植物病原体诊断RAPD-PCR是重要,因为它允许特定序列的筛选和分化密切相关的物种,紧张,种族,和隔离。

RAPD-PCR使用单引物退火,而不是描述PCR分析,使用两个引物来限制生成的序列。放大后,随机引物结合基因组DNA的互补序列,产生RAPD-PCR产品部分或完全同源的可变长度的任意序列两端。的DNA多态性引起的插入,删除,替换和基地,影响RAPD-PCR产品出现的存在或缺乏乐队在RAPD-PCR后的凝胶。这种方法可以用来放大从各种各样的生物,基因产物电泳后,乐队的模式将是唯一的生物。找到一个带特定目标,许多不同的引物都必须检查。高度特定的引物可以通过特定的乐队。

最后,值得注意的是,PCR检测放大并不是唯一的方法。连接酶的连锁反应,例如,用于检测一些植物疾病(LCR)。它是基于依赖DNA的DNA连接酶的能力phosphodiesteric债券时绑一个DNA链断裂的三磷酸腺苷(ATP)和Mg2 +离子。高特定活动的单链断裂结扎模板,形成第二个互补链,和较低的特定活动同时结扎两两股破裂或破裂的单链DNA DNA连接酶的两个特征的工作。

发现两组引物互补彼此和矩阵的最初选择的片段(例如,一些病原体的DNA)在一个“头尾”安排从5′,3′端所需电感电容电阻测量的实现。反应混合积累的结果,这是一个结扎双链DNA片段在结构上相同的四个引物,一旦第二电感电容电阻测量周期完成。这是典型的,即使是一个单核苷酸的错误在退火的位置导致一个负面的结果。

因此,电感电容电阻测量已承诺改善植物病原体识别和识别点突变在野生类型的因果代理。LCR已经修改检测马铃薯块茎和Y,病毒识别欧文氏菌stewartii,区分5种,p .奇异君子兰,p . phaseoli从其他疫霉物种以PCR格式。电感电容电阻测量与ELISA在后者的例子。