进步的系统树图
Sowmya P*
生物技术学系Bharath大学印度钦奈
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*通讯作者:
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Sowmya P
生物技术学系Bharath大学印度钦奈
收到日期:2015年5月26日;接受日期:2015年5月29日
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文摘
系统发育树,另外叫系统树图[1],展示收集的变革的相互关系的有机实体从一个典型的inhereted结构[2 - 5]。树上的前身是“树干”;生命形式,出现了[6]是集的闭包树“四肢”。The separation of one gathering from alternate gatherings [7] demonstrates the level of relationship [8]; i.e., firmly related gatherings are situated on branches near to each other. Phylogenetic trees [9,10], albeit speculative [11], give an advantageous strategy [12] to mulling over phylogenetic connections
关键字
系统树图、系统分类、蓝细菌DNA
系统发育树,另外系统树图,展示收集的变革的相互关系的有机实体从一个典型的inhereted结构[1 - 5]。树上的前身是“树干”;生命形式,从它出现了集合的闭包树“四肢”。The separation of one gathering from alternate gatherings demonstrates the level of relationship i.e., firmly related gatherings are situated on branches near to each other [6-8]. Phylogenetic trees, albeit speculative , give an advantageous strategy to mulling over phylogenetic connections [9-13].
种系发生
动物群体的发展历史背景或收集,特别是引用行暴跌和之间的联系一般生命形式的集会(14 - 16)。中央发展史是建议,在主流研究者公认,独特的植物或动物物种从正常的前兆)17 - 21(区间。证明这样的连接,在任何情况下,不断地支离破碎,对物种的主要部分有住过终止,通常很少有剩余的部分保存在化石记录(22日至26日进行的)。大多数的发展史因此是根据理论和迂回的确认[27]。多样化的发展史定期开发利用同样的确认。经过全面的考虑,所有的包容理解,生命之树是自然下降的结果之前祖细胞,并发现真正的发展史,在任何情况下在基本层面上(进一步)。
系统发育树
研究人员利用一种装置,称为系统发育树,一种图,展示变革途径和生物之间的关联(34-36)。研究人员认为系统发育树的理论变革过去因为一个不能变卦(37-38)确认该连接。在一天结束的时候,“生命之树”,因为它是偶尔,可以开发显示当先进独特的生物和展示各种生物(39-43)之间的连接。
不同的分类顺序图,系统树可以读起来像引导变革的历史[44-46]。众多的系统发育树的底部有一个孤独的家谱对一个典型的前兆。研究人员称这种树“建立”,这意味着有一个孤独的天生的家谱(通常来自基地或左),图中所有有机实体和关系。注意,在建立系统发育树中,三个领域(细菌、古细菌和真核生物)分开一个孤独的点和分支[47-50]。小分支,植物和动物(包括人)拥有在这个图展示了这些聚会有多晚,微乎其微的对比和不同的生命形式。拔起树不展示典型的祖然而显示物种(51-52)之间的联系。
在一个树,建立传播展示发展连接[53-54]。的一部分,称为一个分支点,说到一个孤独的家谱先进到一个明白无误的。遗传,提前开发从根和保持无支链的叫做基底分类单元可[55 -]。当两个遗传来自相同的分支点,他们被称为姐姐类群。一个分支有超过两个家谱称为多分枝,用来描绘那里的研究人员并没有完全决定的大多数连接。至关重要的是要注意,尽管事实上,妹妹类群,多分枝的共享一个祖,这并不意味着有机实体部分或发达的聚会。生物在两个类群可能一部分特定的分支点分离,然而,无论类群提供提升到下一个(57-58)。
建立系统发育树可以作为通往理解的发展历史(59-60)。途径可以遵循从生命的起点到任何个别物种通过探索两者之间的发展分支集中[61]。此外,从一个孤独的动物类型和后回到树的存储室”,可以发现动物品种的前任,和哪里的血统有着典型的遗产(62 - 64)。此外,树可以利用[65][66]研究整个聚会的有机实体。
另一个指向指定在种系发生树的结构是在分支集中并没有改变数据(67年,68年)。恰当的例子,如果一个分支点转身分类单元请求改变,这不会调整数据的事实,每一个分类单元的发展从分支点的自治其他[69]。
大量订单的内部调查,科学添加在大跨度的时间看到先进的长期生活;在一起,这些控件添加到建筑,升级,照顾“生命之树[70]”。Information is utilized to sort out and characterize organic entities in view of transformative connections in a logical field called systematics. Information may be gathered from fossils, from considering the structure of body parts or atoms utilized by an organic entity, and by DNA examination [71]. By joining information from numerous sources, researchers can assemble the phylogeny of an organic entity. Since phylogenetic trees are theories, they will keep on changing as new sorts of life are found and new data is found out [72].
系统树图是什么?
系统树图是现货关系信息的可视化表示。个人点沿基地组织的系统树图和提到叶中心[73]。现场组织框架通过加入个人斑点或现有现货束与连接点提到作为一个中心。这可以发现在上面的提纲。在每个系统树图中心有一个特权和左分支成束的斑点[74]。陪同检查,发现束可以提到一个孤独的地方聚会的地点。垂直枢轴标记分离和暗指斑点或斑束之间的隔离措施。中心的地位可以被视为特权和左分支之间的分离自尊组(75 - 76)。两束之间的分离测量是确定需要后:
D = 1 - c
D =距离和C =现货团体之间的联系。
斑点是深刻的对应的事件,他们将有一个连接尊重附近1因此D = 1 - c附近将有一个质量为零。沿着这些线路,异常相关束更接近系统树图的底部(77 - 80)。点串不连接有连接零估计和比较分离估计1。认识到相反连接,即证明逆表达式进行,将会有一个关系估计1和D = 1 - 1 = 2。
当我们爬上系统树图,现场组织获得更大的和现货束增量之间的分离质量。它变得很难破译分离点串当点组增量大小[81]。可能的方法来考虑两个景点将的表达谱进行感知的系统树图你要走多远,所以你可以移动之间的两个点。在上面的系统树图中,你看到从左边的点到中间的位置,你必须爬0.6分离后(只是分支[82])。
模型选择
模型DNA替换过程是主要的可测量的系统归纳[83]。他们可以自由被认为是翻译系统数据的连续信息。以同样的方式在一个方言和方言翻译得到数据作出解释的数据转换成一种方言是合理的,安排开发理解数据模型在滇池流域的安排到系统数据,可以直接被一位科学家破译[84]。另一方面,每一个模型,我们可以使用扣除使另一种安排怀疑关于DNA的进步,带来的对比了解系统中包含的数据分组(85 - 87)。有两个坚定的相关调查,然后出现:
1。哪种模式最适合打破我的安排的DNA继任的问题吗?
2。我意识到该模型如何选择可靠的结果给我吗?
注意第一个问题被称为模型选择和注意的第二个问题是广大称为测量模型。
利用可衡量的方式处理选择一个合适的系统归纳的继承发展模式是解决和基于丰盛的写作。不可预测的模型变成,越多越好它将适合的信息。在任何情况下,这适合伴随一个费用[88 - 89]。更不可思议的模型需要更多的参数的估计,而有限的信息包含相同的测量数据的例子。过于短视的利用率模型的发展,不顾总的来说至关重要的过程发生在自然会导致有序滑(倾向)的结果,而过度的使用复杂的模型会导致随机失效(扩展变化)[90]。所有模型选择系统试图找到“最好的近似模型”,调整这两个竞争滑的源泉,然而他们往往针对不同假设的机构[91]。这些假想的机构(与他们相关的模型选择标准):
•信息理论(Akaike“数据范式”(AIC)
•频率论的假设检验(似然比检验-轻轨车)
•决策理论(决策理论风险- DT或R)
•贝叶斯模型选择(贝叶斯元素- BF)
•贝叶斯假设检验或模型平均(后验概率- PP)
•贝叶斯的灵感和数据的假设
分类框架
科学分类,安排生物的探索,是针对发展史[92]。早期的分类框架没有假设的前提;生物聚集相似。自1859年生产的查尔斯·达尔文的《物种起源》通过自然选择,再一次,科学分类已经承认的建议发展暴跌和关系[93]。
发展史显然展示的信息,完成《生命之树》是记载过程的结果相似度的发展和内部和之间的聚会与度的关系由常规暴跌前任[94]。创建一个完全发展史至关重要的构思科学分类,镜子里面的固定连接宇宙的生物[95]。
证明为特定的发展史
学者假设的发展史决定他们从化石的科学领域最有价值的确认,类似的生命系统,胚胎附近和原子遗传素质。原子结构的调查质量和地理拨款的植被同样有价值。化石记录经常被用来集中集会包含硬体部分的发展史;另外用于日期不同次的物种的发展史已经证明的前提建立在原子(96、97)。
大多数的信息利用作为制造系统的一部分的判断来源于相似的生命系统和从胚胎学,尽管这些很快就被超越框架开发利用亚原子信息[98]。在组件基本与独特的物种,对比解剖学家试图识别同源性,或从一个典型的前兆,获得的相似性和类比,或者出现的比喻,因为比较倾向和生活条件[99 - 100]。
生化检查完成在最近的20世纪大部分贡献了重要信息系统研究(101 - 103)。包括对比安排单位组成蛋白质和脱氧核糖核腐蚀性(DNA)粒子,分析师们构想的仪器测量不同物种在多大程度上推进以来分离从一个典型的前体(104 - 110)。因为线粒体DNA的改变率高对比和原子DNA,它已经有价值的聚会之间建立联系,闲逛的[106]。基本上,亚原子遗传品质的利用系统学的利用率radioisotopesin地质约会:原子以独特的利率变化,一些,例如,线粒体DNA,迅速发展和其他人,例如,核糖体RNA,逐步推进[111 - 120]。命令式假设然后在利用粒子系统改造是选择适当的质量分类单元的年龄下研究[121]。
表现型和支序分类学
系统工作的方法将两种方法:语音学和系统分类(支序分类学)[122]。表现型分类法的构造分组完全对比喻在生物和强调了数值考试看安排的表型特征。支序分类学基础秩序专门收集动物组织的最新基本前体[123]。支序分类学使用共享推断字符,选择属性,推导出单系统或那些在所有亲戚的一个典型的前任沟通。最直接的对比两个系统是表现型分类法的订单物种利用然而许多品质可能会在这种情况下,策划者通过可比性支付小尊重任何发展连接[124125]。
主要的步骤
生命的发展史,作为来自化石和生活物种,显示了最快的动物是长复合发展的结果,其中任意反应过时的海洋和空气之后创建的氨基酸和蛋白质[126]。聚集,珠子含有蛋白质然后把粒子表面形状的电影,据说这些层结合蛋白是生命形式时添加到复制的能力。不确定这些最守时的循环往复的生物蛋白,核酸acid-protein从属关系,或感染。有一般assention异养生物即。,那些有义务支持提前自然物质海洋[127]。之后,似乎自养结构,能够做出自己的特定的营养从无机物。这些生物是最快的微生物;他们可以存储活力食物和放电活力需要通过呼吸[128]。
蓝藻(蓝绿色增长)被认为是以下变革的步伐,他们发现自己能够利用光合作用的阴影,让他们自己独特的营养供应和沿着这些线路绝对没有受到周围环境补充[129]。
蓝藻后出现有广泛的绿色增长集群,模具、原生动物、植物、和生物[130]。
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