LABVIEW基因序列使用DSP技术分析

博士K.B.Ramesh^一号kshbook甘地²什拉达派³苏希马M⁴

副教授Dept仪器技术学院,印度卡纳塔克州班加罗尔^一号
UG学生分局仪器技术学院,印度卡纳塔克州班加罗尔²
UG学生分局仪器技术学院,印度卡纳塔克州班加罗尔³
UG学生分局仪器技术学院,印度卡纳塔克州班加罗尔⁴

抽象性

数字信号处理生物信息应用近年来备受关注,开发出新的有效基因组序列分析方法,如检测编码区路由学关节炎是一种慢性系统发炎疾病,主要涉及外围族联工作软件模块使用LabviEW支持dSP工具箱快速傅里叶变换等DSP技术被纳入算法分析生成电频谱算法测试数据库中各种正常异常脱氧核糖核酸序列基因组序列取自标准数据库

关键字

Rheudic Artits,回文序列,LABVIEW,基因组分析,数字信号处理

导言

基因组序列分析使用LabviEW完成Rheumatic关节炎(RA)是一个慢性系统炎,主要涉及外围合机多基因对RA病负责发现,并使用KEG(基因和基因组京都百科全书)和国家生物技术信息中心等数据库查找每种基因的基因序列与异常基因并发少正常基因正常基因和异常基因用数字信号处理技术比较快速傅里叶变换FFT工具见LabviEW软件2011版写适当代码提取字符串序列,将字符串序列转换成数字序列并应用FFT常态和异常式Gene序列输入代码分析正常和异常序列所得频谱时计算平均振幅单代码写并实现计算均值放大

互连检测

数字信号处理数组序列分析近些年来受到极大关注。 DSP原理用于分析基因组和原型序列[1]本论文描述生成有限脉冲响应法同样的脱氧核糖核酸序列使用转录翻译转换成蛋白质序列,并使用Frich滤波技术等数字滤波技术了解频率响应频率响应对基因和蛋白质组序列都是一样的.[2]本论文正在开发新方法分析脱氧核糖核酸序列,脱氧核酸序列应转换成数字序列DSP算法用于脱氧核糖核酸分析脱氧核糖核酸序列基对间的长距离关联性已简短讨论,对应1/f型功率谱并描述Fourier方法最近应用蛋白质研究Karhunen-Loeve作用像变换解释DNA微数组数据用于基因表达.信号处理在基因组学和更广义生物科学中的作用令人印象深刻.SOSFTWARE实现

软件实现

实施论文的方法基于数据库基因序列、LabviEW和数字信号处理技术获取的脱氧核糖核酸序列与标准脱氧核酸序列结构比较对这两个序列的分析使用LabviEW中可用的DSP工具完成从标准数据库访问基因组序列并贴入文本文档文本文件通过文件输入输出函数调用程序基因组序列一般为字符串形式(主要为AGT和C)数组获取,字符串转换成相应的数值表FFT应用并获取SFC系数使用unble命名函数,可访问点的振荡值,均值振荡计算.并给定序列回文或非校验

下图一显示块图建议工作

系统分四步实施图2以流程图形式显示

步骤1.基因序列提取

基因组序列对Rheimatic关节炎(RA)负责取自标准数据库多网站可提取基因组序列国家生物技术信息中心数据库最受欢迎其余为京都基因和基因百科全书或KEGG、PubMed等所遵循的程序相同,我们需要输入官方基因名或基因号访问基因组序列两种基因序列一是AA序列表示氨基酸排序,二是NT序列表示核酸序列此处NT序列使用KEG网站抓拍图3显示

步骤2字符串转换数表

存取基因组序列形式NT序列转换为复杂格式前面已经提到过,序列以字符串格式获取,并因此应用FFT脱氧核糖核酸序列中,我们必须为字符A、T、C、G分配数字正确选择数字可以为数值序列提供潜在实用属性举个例子,如果我们选择复杂并发T=A*和G=C*,则补充式脱氧核糖核酸链表示共和性对称数序列,这些相容性数学属性,包括泛线性相复杂工作转换取下文,代码取图4

++j

G+++

T++1-j

CQQ-1-j

还有其他二进制转换方式,即存在和缺位表示一或0,而另一种表示使用电子离子交互潜力值

步骤3应用dSP技术

转换完成后,下一步是创建波形构建波形LabviEW工具时使用FFT所得频谱准备分析构建波形图标和FFT工具可见图5

步骤4.解析

比较二波形常态异常

平面安全

检测脱氧核糖核酸序列是计算生物学的中心问题识别回文可帮助科学家加深对基因组不稳定性的理解内含长邻倒转重复式(Palindromes)的脱氧核糖核酸序列本质上不稳定,并关联到多类染色体重排列论文中简单工具帮助生物学家检测DNA序列中的回文数列.a回文数列前向后向均读相同字母或字数列脱氧基字母A、C、G、T等词对称性,读法完全和反向相仿序列完全相同。脱氧核糖核酸回文对基因调节、脱氧核糖核酸复制和启动基因放大至关重要

图7显示代码5'3'序列输入3'5多限制内存(约束性酶)识别特定回文序列并切除限制酶EcoR1识别以下回文序列

5'-GATC-3'-CTAG-3'

果实

常态序列中,我们观察到平均振幅小于1,并有一个清晰峰值异常序列(RA病)平均振幅大于1也没有获得清晰峰值成功获取正常和异常波段并比较图8.9和图10分别显示各种正常基因和异常基因拼图

Fig8图显示从正常序列(TLR9)获取的频谱,右图显示异常序列(BLK),因此我们清晰观察异常序列中的偏转

Fig9上图显示从正常序列获取的频谱(HBA2)和底部图显示异常序列(CD5)。正常顺序观察只取一个峰值

图10左侧图显示从正常序列获取的频谱,图右侧图显示异常序列(PTPN222)。

下图11预测F56F11.4基因五大前例抓取基因显示五大峰显示五大编码区域

观察表通过下注表1给出各种基因平均增值

结论

DSP方法对基因组学数据应用开始为基因组学研究做出重要贡献系统内基于值的复杂方法替代二分序列法建议用于基因组信号处理雷竞技app下载苹果版开放存取原基因组数据使DSP专家容易参与基因组研究。数年来开发的大量强力技术应用到基因组学中,我们希望看到专业领域快速发展,如定制药材设计与基因修复,这将大大造福人类。

未来范围

可进一步努力提高系统精度,因为在这种情况下最重要的是系统类似式算法可应用到癌症等各种其他疾病同时,我们可以在线提供算法,这样算法可以解析为开源代码并使用dSP技术预测ekurygroy、indons和exons、启动codon并停止codon、surents复用网站(从exon转换为intron或反转)和CpG岛(富集CG配方并可能促进基因功能的区域)

开发模块的效率仍然可以通过检测疾病阶段提高所拟算法可成为通用标准,并可用于预测其他疾病