RhusChinsis全氯元组特征化,中国重要医疗经济厂

抽象性

Rhus中国树是东亚温带常见的稀疏树,中国二叉虫赖以生存以组成竹子和富参聚集全叶板基因组seq4000平台上持枪基因组滑动法完全叶板基因组中文本为149 083bp,标准四边结构大相加(LSC,97 271bp)小相加(SSC,18 524bp)单拷贝区除以双反转重复数(IRs,16 644b成功注解126基因,包括82个蛋白编码基因、36个tRNAs基因和8个RRNAs基因其中有29个基因分布于IR区域完全叶板基因组整体GC含量高度达45.5%

关键字

完全叶板基因组Rhus中国人心电图中文

导 言

Rhus中国人家庭心电感应树常用树,主要分布在东亚温带一号,2..树叶花果可使用医学类[3..最近研究R.中位数显示有前途的健康福利,例如抗癌抗病毒抗微生物抗腹泻anti-inflammatory[属性4-7..更重要的是R.中位数原主宿厂数个中文大片丹宁斯[8..gells对中医具有经济意义,cellins使用于橡胶行业并提高皮革质量九九,10..前文研究R.中位数以传统药用为主种子类传播、遗传多样性、遗传多样性和演化历史以及其他光合生态生理特征11-17..从未报告过完全叶板基因组R.中位数.此外,随着过度采伐、过度放牧和其他人工活动加剧,自然资源R.中位数正在下降,从而使保护效果大为减少并严重影响东亚温带生态环境的可持续发展因此,我们在这里执行完全叶板基因组R.中位数Illuma Hiseq4000平台,目的是更好地了解基因组结构与功能,提供更重要的遗传信息,用于保护细菌并合理开发传统药用植物

材料方法

我们采样新鲜叶片Rhus中国人高山市图1华北武丰县公元前并保存在silica凝胶中直到提取全部脱氧核糖核酸同时,我们用EtrexGIS记录采样地的纬度、经度和高度(Garmin、台湾和中国)。汇票样本存放中国山西大学生命科学院

我们提取全基因组脱氧核糖核酸植物类基因组脱氧核糖核酸包(台元生物技术公司,中国北京)并获取全叶板基因组数列R.中位数透过Illuma Hiseq4000平台上射击基因交换法18号..完全叶板基因组序列R.中位数Velvet并加注创用11.0.3R.中位数KX447140和GenBank的Anacardiacee19号..基于上述注解GenBank文件的在线程序OrganellgenomeDraW(OGDRAW)20码..完全叶片基因组提交GenBank

结果与讨论

完全叶板基因组Rhus中国人典型四边结构149 083b图1由27.8%A、26.7%T、21.3%C和24.2%G组成+T内容(54.5%)比G+C高(45.5%),这类似于所报告完全叶板基因组R.中位数[21号..基因组包含两个倒转重复区(IRA和IRB16 644bp)大相分离(LSC97271bp)和小相分离(SSC18524bp)单片区图2)成功注解共126个基因,其中包括82个基因蛋白质编码基因、36tRNAs基因和8rRNAs基因图2)

结论

此外,除五种蛋白编码基因外,全叶板基因组所有其他基因都出现在单拷贝区域(五种蛋白编码基因除外)(dhB,rps7,rps12,ycf1,ycf156tRNA基因trna-UGC、trni-GAU、trnl-CAA、trn-GUU、trR-ACG、trnV-GAC和四种RRNA基因rn4.5,rn5,rn16,rn23)复制IRs完全叶片基因组GC内容LSC、SSI和IR区域分别为36.2%、36.9%、32.6%和45.5%

这些信息不仅对开发屏幕非常重要路斯genus专用cpDNA条码, 并提供大量实用基因资源 分析物种划分和分解,特征描述 人口遗传结构与遗传多样性, 并更有效地保护genus

Acknowledgements

此项研究得到国家高技术研发863方案(2014AA021802)、中国自然科学基金会(31170359)、山西省百合项目、中国山西奖学金理事会(2013-020)以及国家自然历史博物馆分析生物实验室和史密森学院捐赠赠款方案部分支持。Smitsonian机构高性能集群-HPC-Hydra计算

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