完整的叶绿体基因组的特征采用对(Anacardiaceae),来自中国的一个重要的药用和经济植物

文摘

采用对是一种常见的落叶树东部暖温带的亚洲,而中国漆树蚜虫生活形成五倍子单宁丰富。在这里,我们组装完整的叶绿体基因组的r对强迫基因组Illumina公司HiSeq4000平台上浏览方法。完整的r对叶绿体基因组的长度是149083个基点,与大型标准由四部分组成的结构(LSC 97271 bp)和小区域(SSC, 18524个基点)单副本由一对反向重复(国税局,16644个基点)。我们成功的带注释的126个基因,包括82个蛋白编码基因,36 trna基因和八个核糖体rna基因。在这些基因中,29日基因位于红外区域。完整的叶绿体基因组的整体GC含量高达到45.5%。

关键字

完整的叶绿体基因组,采用对Anacardiaceae, P。中国R。

介绍

采用对属于家庭Anacardiaceae,这是一种常见的落叶树,主要分布在亚洲东部的暖温带(1,2]。这个物种是一种重要的药用植物,其茎、叶、花和果实中可以使用医学(3]。最近,研究r对表示承诺的医疗福利,比如抗癌、抗病毒、抗菌止泻剂抗炎属性(4- - - - - -7]。更重要的是,r对是主要的几个中国漆树蚜虫的寄主植物,生活在这个物种形成虫瘿高吗丹宁酸(8]。虫瘿是经济重要的传统中药和从五倍子单宁用于橡胶工业,提高皮革质量9,10]。前面的研究r对主要集中在传统药用用途,种子繁殖、遗传多样性、遗传多样性和演化历史,和其他光合和eco-physiological特征(11- - - - - -17]。然而,它从未被报告的完整的叶绿体基因组r对。此外,集约化的过度砍伐森林,过度放牧和其他人为活动的自然资源r对正在下降,这使得其保护作用明显降低,严重影响生态环境的可持续发展东部暖温带的亚洲。因此,我们在这里表现的完整叶绿体基因组r对Illumina公司HiSeq4000平台的目的是更好地了解基因组结构和功能,并提供更重要的遗传信息的传统药用植物的种质资源保护和合理开发。

材料和方法

我们品尝新鲜的叶片采用对(图1湖北)从聚县,中国(36°53“6.37”N, 101°51”45.7”E;alt。1824米)并保存在硅胶直到总DNA提取。与此同时,我们记录了纬度、经度和海拔的抽样地点使用Etrex GIS (Garmin、台湾、中国)。我们把凭证标本在生命科学学院,山西大学、太原、山西、中国。

我们总基因组DNA的提取植物基因组DNA工具包(Tiangen生物技术,北京),并获得完整的叶绿体基因组的序列r对通过强迫基因组浏览方法Illumina公司HiSeq4000平台(18]。我们执行从头组装完整的叶绿体基因组序列的r对在天鹅绒和注释在Geneious 11.0.3通过比较我们的完整叶绿体基因组序列的序列r对(KX447140)和其他物种Anacardiaceae从基因库19]。我们呈一个完整的叶绿体基因组的基因地图使用在线程序OrganellarGenome画(OGDRAW)基于上述注释基因库文件(20.]。加入我们提交完整的叶绿体基因组基因库(*)。

结果与讨论

完整的叶绿体基因组的采用对是一个典型的由四部分组成的结构长度与149083年英国石油公司(图1)和由27.8%、26.7%,21.3% 24.2% C和G + T含量(54.5%)高于G + C(45.5%),这是类似于完整的叶绿体基因组的报道r对(21]。基因组包含两个反向重复区域(IRA IRB,每16644个基点)分离的大(LSC 97271 bp)和小(SSC, 18524个基点)单副本区域(图2)。我们成功地注释共有126个基因,其中包括82年蛋白质编码基因(pcg), 36 trna基因和八个核糖体rna基因(图2)。

结论

此外,所有其他完整的叶绿体基因组的基因出现在单一副本区域,除了五proteincoding基因(ndhB、rps7 rps12、ycf1 ycf15),6个tRNA基因(trnA-UGC、trnI-GAU trnL-CAA、trnN-GUU trnR-ACG trnV-GAC)和四个核糖体rna基因(rrn4.5、rrn5 rrn16 rrn23在美国国税局)被复制。此外,GC的内容完整的叶绿体基因组,LSC, SSR和红外地区36.2%、36.9%,分别为32.6%和45.5%。

这些信息不仅开发和屏幕是十分重要的采用切genus-specific cpDNA条形码,还提供很多有用的遗传资源物种界定和物种形成的分析,描述种群遗传结构和遗传多样性,属的和更有效的保护。

确认

本研究部分支持的国家高技术研究和发展“863”项目(2014 aa021802),中国国家自然科学基金(31170359),Hundred-Talent项目山西,山西奖学金委员会中国(2013 - 020),和实验室的分析生物学国家自然历史博物馆和史密森学会的捐赠基金赠款项目。高性能集群计算进行史密森学会(SI / HPC),九头蛇。

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