蛋白质组学与生物信息学在生命科学研究中的结合

Vishal Tripathi
印度诺伊达，阿米提大学，阿米提生物技术研究所(电子邮件保护)

介绍

蛋白质组学和生物信息学在生命科学以及PC和数据科学和创新中建立。这两种跨学科方法都来自特定的领域，例如数学、物理科学、软件工程和建筑、科学和行为科学。蛋白质组学和生物信息学与生命科学密切相关，以了解它们的最大能力。目前，没有生物信息学的蛋白质组学就像没有雷达的浮筒一样。生物信息学利用计算方法来处理科学中的位置假设和试验查询。生物技术业务最近的发展是显著的，在亚原子显示、疾病描绘、药物披露、临床人类服务、法律科学和农业方面的进展总体上影响着货币和社会问题[1］．蛋白质是细胞的主要动力、基本成分、标记使者和原子机器，这是支持专门解剖蛋白质的有利环境和意义的有力论据。蛋白质组学的特点是对给定细胞中(在给定状态下)的每一种通信蛋白质的大规模可识别的证明和有用的描述，包括所有蛋白质的异构体和变化、蛋白质连接系统、蛋白质结构的确定和蛋白质的高要求结构。蛋白质组学的一个重要进展是通过提出有能力的新创新和高通量测试，以及结合生物信息学仪器来检查这些调查的后果。一些调查探讨了促进蛋白质组学研究的创新[2-4］．

综合方法:概述

蛋白质组学是对蛋白质，特别是它们的结构和能力的大规模研究。蛋白质是生物的重要组成部分，因为它们是细胞生理代谢途径的基本部分。蛋白质组学在10年多的时间里取得了令人惊叹的成就。它最好有一个比基因组学更混乱的框架。当蛋白质组在细胞和细胞之间进行对比时，这种复杂性就出现了。

自10年或两年以来，质谱已被证明是一项特殊的创新，用于检测复杂混合物与二维凝胶电泳。这种创新正在临床科学、医学科学、生态科学、生命科学、建筑等领域联系起来，不同的方法正在逐步被发现。一种基于蛋白质组学的方法被连接来描述神经元细胞对溴化吡啶的反应。用700nM PB处理精制成神经细胞瘤细胞10天的蛋白提取物和对照细胞的浓缩物，利用二维凝胶电泳进行分化。用MALDI-TOF质谱(MS)对22个差异通讯蛋白进行了鉴别[5］．通过连接Maldi -TOF质谱来区分1800 MHz GSM手机信号下的受影响蛋白[6］．结膜拭子用于干眼症的蛋白质组学描述使用基于临床的非侵入性技术，从受试者的结膜后盖和普通粘膜中积累样本。二维凝胶电泳对于检测血浆蛋白提示人类疾病的生物标志物是有价值的。结果表明，两种高丰度蛋白的耗竭增强了人血浆中低丰度蛋白的显示，TCA/CH3)2CO沉淀带来了有效的标本固定和脱盐。我们还发现，与考马斯重显色相比，通过银重显色和荧光重显色的2D凝胶轮廓的可视化改善了低丰度血浆蛋白的位置[7］．

在一种方法中，特殊肽组的计算机化计算分两个阶段完成:在第一步中，通过选择蛋白酶，从给定的FASTA文档设计的蛋白质数据库中创建一个基于sql的假设处理肽的数据库。在短期内，从预先确定的蛋白质序列中硅合成的肽与该肽数据库进行对比，以区分感兴趣的肽[8，9］．原代星形细胞培养含血清条件培养基的蛋白质组学分析[10]证明，这是第一个利用蛋白质组学方法(包括细胞社会中氨基酸的稳定同位素命名和质谱)识别含血清培养基中的分泌蛋白的研究。血清蛋白质组检测在感染检测和恢复性检查中具有广阔的应用前景。［11蛋白质组学检测主要建议采用ProteoExtractTM白蛋白去除部分清除血清中丰度高的蛋白、乙醇沉淀、2.5% SDS和2.3% DTT加热至95°C变性试验3 min、pH 4-7 IPG条带(17cm)加100 μg耗尽的血清蛋白进行银重染色，可有效地提高血清中丰度低的蛋白的检测能力。

通路显示是框架科学中最引人注目和最新颖的部分，用于规划和研究针对不同症状和不同目的的通路[12］．在PPI编程系统“PIANA”的帮助下，蛋白质关联的合并和预期阐明了相当多的分类问题，这些问题通常适用于管理自然信息的框架[13］．其中一个后期的可视化设备，例如DataBiNSViz，授权对KEGG、PubMed或OMIM标识符描述的蛋白质执行DataBiNS工作过程，通过对这些蛋白质的合并结构/容量和通路信息的人工调查进行跟踪，特别集中在nsSNP信息的连接[14］．利用Modeler 9v2产品进行同源性验证，以预测组织蛋白酶L蛋白的三维结构，该蛋白可降解胶原蛋白、弹性蛋白和纤维连接蛋白等结缔组织蛋白。采用亚原子力学和进度策略得到最后一个模型，并通过PROCHECK和VERIFY三维图进行评估，验证了最后一个改进模型的可靠性[15］．同样，全球蛋白质组学是一种替代方法，其中所有通过疾病或药物调整的血液蛋白质都被用于确定药理学查询，而无需建立免疫分析的时间、成本和危险[16］．利用PupaSuite, UTRscan和miRBase计算仪器作为miRNA及其靶标预期的管道，评估了结肠肿瘤中mRNA的实用部分[17］．利用基于吸引点的清洗(ClinProt框架)和网格辅助激光解吸/飞行电离时间质谱(MALDI-TOF-MS)来分析人类泪液蛋白非常适合于泪液中多肽和蛋白质的一线筛选[18］．肽颗粒的电子交换分离(ETD)被认为是一种比碰撞诱导分离(CID)更好的基于质谱的肽测序设备[19，20.］．western涂片鉴定和MS ID后采用二维电泳步骤对发育16- 24周成熟的人胎肝(HFL)中磷酸化蛋白进行分析[21]，在与造血有关的蛋白质中发现了低程度的丝氨酸、苏氨酸和酪氨酸。成像质谱(IMS)是一项新兴的创新，它利用框架语句和MALDITOF质谱仪器来实现图像时代[22和老鼠大脑组织的应用。