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有效的导航基于生物医学数据库的查询结果

P.RAMYA1和DR.NALINI2
  1. Bharath大学讲师,部门的CSE钦奈,印度泰米尔纳德邦,
  2. Bharath大学教授,部门的CSE钦奈,印度泰米尔纳德邦,
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文摘

生物医学数据库搜索查询,如地中海酒吧,经常返回大量结果,其中只有一小部分适用于用户。分类和编目,也可以联合,已经提出改善这信息过载的问题。结果优化和生物医学数据库的分类结果这项工作的重点。一个自然的方式来建立生物医学凭证提供网格注释。网格是一个包容的概念层次结构由地中海酒吧使用。本文提出的BioIntelR(出生)系统,采用BioNav系统允许用户旋转大量的查询结果,组织他们使用网格概念层次结构。首先,BioIntelR(出生)系统提示用户探索标准和系统自动连接到一个中间层在应用程序级别,指导创建查询正确的有效的查询路径选择正确的标准从生物医学数据库的搜索结果。查询结果被组织成导航树中。BIR系统暴露在每个节点展开步骤,只有一个小的子集概念节点,优先,可预测的用户导航成本最小化。差距,以前的系统,BIR系统排量和优化查询结果的时间和减少查询结果集,以方便用户导航、数据仓库。

关键字

反思和寻找合作数据,探索过程中,图形用户界面,界面风格。

介绍

PubMed的MEDLINE数据库,搜索引擎运作,包含超过1800万个凭证,数据库是目前增长的速度每年有500000新引用。其他生物来源,如Entrez基因和人类,见证并行开发。作为声称在之前的工作中,能够迅速调查这文学构成必要一步设计和解释任何大规模的实验。生物学家、化学家、医疗和身体状况科学家用于搜索他们的文学领域——例如PubMed——使用一个关键字搜索的过境点。目前,在询问位置用户试图找到凭证有关她的研究,因此不知道先验,她提交一个主要广泛的基于关键字的查询,通常返回大量结果。因此,用户迭代改进查询,如果她有如何的建议,通过计算更多的关键字,并重新提交,直到适度小返回的结果数。这个改进过程的迭代次数后是有问题的,因为用户不知道如果她有额外指定的查询,在这种情况下,相关凭证可能被排除在最终的查询结果。作为一个例子,一个查询在PubMed“癌症”的回报超过200万凭证。甚至为“prothymosin”更具体的查询,核蛋白质获得注意力在癌症发展的假定的角色,返回313凭证。查询结果的大小为用户很难找到她最参与的凭证,和大量的运用已是筋疲力尽寻找这些后果。 Several solutions have been planned to address this problem Commonly referred to as in sequence overload. These approaches can be generally classified into two classes: ranking and cataloging, which can also be collective. BioNav belongs primarily to the organization class, which is perfect for this province specified the rich concept hierarchies (e.g., Mesh) available for biomedical data. We augment our categorization techniques with simple position techniques. BioNav organizes the query consequences into a dynamic hierarchy, the navigation tree. Each concept (node) of the hierarchy has a descriptive label. The user then navigates this tree structure, in a top-down fashion, exploring the concepts of interest while ignoring the respite. An instinctive way to classify the results of a query on PubMed is using the Mesh static concept hierarchy [18], thus utilizing the inventiveness of the US National Library of Medicine (NLM) to build and maintain such an inclusive arrangement. Each extract in MEDLINE is coupled with several Mesh concepts in two ways: (i) by being explicitly annotated among them, and (ii) by mentioning individuals in their content (see Section 7 for in sequence). Since these relations are provided by PubMed, a comparatively simple interface to navigate the query result would first attach the credentials to the corresponding Mesh concept nodes and then let the user navigate the navigation tree. Fig. 1 displays a snapshot of such an interface where shown next to each node label is the count of distinct credentials in the sub tree rooted at that node. A representative navigation starts by informative the children of the root ranked by their extract count, and is continual by the user intensifying on or more of them, skimpy their ranked children and so on, until she clicks on a concept and inspects the recommendation emotionally involved to it. A comparable interface and navigation technique is used by e-commerce sites, such as Amazon and eBay. For this example, we presume that the user will navigate to the three indicated concepts corresponding to three independent lines of research related to prothymosin. Our next part details about literature survey. Our third part details about system architecture. Our Forth part details about critical analysis. Our Fifth part details about conclusion. Our sixth part details about reference.

文献调查

文献调查软件发展过程是最重要的一步。之前增加工具至关重要的调节方面,公司经济实力。一旦这些东西满意,十下一个步骤是确定哪些操作系统和语言可用于开发工具。一旦程序员开始构建工具程序员需要很多外围保护区。这种支持可以获得卓越的程序员,从书籍或网站。以前的建筑系统上面的考虑考虑开发该系统。
答:查询搜索流程模块(或)生物医学搜索系统:
PubMed——使用一个关键字搜索接口。目前,一个研究开发的用户试图找到凭证有关她的研究,因此不知道先验,她提交一个主要广泛keywordbased查询,通常返回大量结果。因此,用户迭代改进查询,如果她的想法如何,通过添加更多的关键字,并重新提交它,直到返回数量相对较小的结果。这个改进的过程是困难的,因为在用户不知道的迭代次数,如果她有额外指定的查询,在这种情况下,重要凭证可能被排除在最终的查询结果。PubMed上查询使用网格停滞概念层次结构,因此利用这个项目的美国国立医学图书馆(NLM)建立和维护这样一个完整的结构。每个引用MEDLINE与几个网格概念在两个方面:(i)被明确标注,和(2)通过提及这些文本。因为这些提供PubMed的关系,一个相当直接的界面导航查询结果首先把凭证对应的网格节点概念,然后让用户在导航树中。
b .动态导航树模块:
导航树中。图显示一个快照这样的一个界面,显示每个节点旁边的标签是不同凭证在子树的计数嵌入式节点。特色导航首先暴露的孩子根排名计算提取,并由用户持续增加或更多,信息排名孩子等等,直到她点击一个概念和检查凭证的情感。一个相关的接口和导航方法是使用的电子商务网站,如亚马逊和eBay。对于本例,我们假设用户导航到三个表示概念对应三个独立行prothymosin相关研究。BioNav引入了动态导航方式取决于特定的查询结果在图的手,确认查询结果附在相应的网格概念节点Fig.然后导航利润不同。关键界面的开发节点上利用选择性地显示排名的继任者(不一定是孩子)的概念,作为替代的显示所有的孩子。
C。层次结构导航web(接口)搜索模块:
BioNav主要属于编目类,这是适合这个领域的丰富概念层次结构(例如,网)生物医学数据的访问。我们组织技术简单的位置技术补充。BioNav将查询结果组织成一个动态层次结构,导航树。每一个层级的感知(节点)有一个富有表现力的标签。然后用户导航这棵树安排,在自顶向下方法中,探索而忽略其余的重要性的概念。
d .网上查询工作负载操作模块:
在线操作。在接收来自用户的关键字查询,BioNav反对MEDLINE数据库中执行类似的查询和检索id。(地中海酒吧标识符)证书的查询结果。这样做是使用ESearch Entrez编程实用程序(eUtils)的有效性。eUtils编译的web接口PubMed发出查询和下载结果与不同层次的细节和多样性的格式。接下来,导航树由检索网格与每个引用相关联的概念从BioNav数据库查询结果。这是可能的因为网格概念树标识符编码网格层次结构中的位置,从BioNav数据库也有所改善。这个过程是为每个用户准备一次查询。

系统架构

答:架构图
图像
信息系统和用户之间的联系。它包括增加需求和技术为数据提供和这些步骤是必要的操作数据放置在一个可用的形式进行处理可以完成审查计算机读取数据从一个手写或印刷文档也可以出现让人们键控数据直接热衷于系统。输入的设计着重于控制所需的输入,控制错误,避免障碍,避免额外的步骤和维护过程简单。输入设计以这样一种方式,它提供了与吸收剂的安全使用和豪华的机密性。

目标

1。输入的过程设计是面向用户的输入的描述转换为基于计算机的系统。这个设计是重要的数据输入过程中避免错误并显示正确的方向为从电脑获得正确的信息管理系统。
2。它是通过创建用户友好的数据输入屏幕提示处理大量的数据。设计输入的目的是来组合数据输入更轻松和自由的错误。数据录取屏幕设计以这样一种方式,可以执行所有的数据操作。它还提供了记录性能服务。
3所示。输入数据时,它将检查它的权威。数据可以输入屏幕的促进。不提供相应的沟通需要时,用户将不会在瞬时的玉米。因此输入设计的目的是创建一个输入布局很容易遵循。
高质量的输出,满足最终用户的需求,提出了信息很明显。在任何系统分配的结果是相互联系的用户和其他系统的输出。在输出设计是不懈的信息如何流离失所的立即需要硬拷贝输出。它是最重要的和表达源信息给用户。熟练和知识输出设计集会系统帮助用户决策的关系。
1。设计计算机输出应该保持在一个有组织的,应该好方式;开发正确的输出必须同时确保每个输出元素设计,这样人们会发现系统可以使用简单和高效。分析设计计算机输出时,应确定特定的输出所需的必需品。
2。选择呈现信息的方法。
3所示。创建文档、报告或其他格式,包含系统产生的信息。一个信息系统的输出结构应完成下列一个或多个目标。
•传达信息过去行动,现在位置或预测
•未来。
•信号重要的过程,机会,问题,或警告。
•触发一个动作。

结论

信息超载是一个主要的问题搜索PubMed等生物医学数据库,典型恢复大量的凭证,其中只有一小部分适合用户。在本文中,我们提出了BioNav系统来解决这个问题。我们的解决方案是组织查询结果允许其内涵网格概念层次结构的概念,并提出一个动态导航过程,最大限度地减少信息超载被用户。当用户展开一个网格的概念在我们的web界面,BioNav只揭示了继任者的选择列表的概念,而不是只表现所有的孩子,排名根据他们估计相关用户的查询。我们正确确认的基本框架和导航和成本模型用于评估我们的进步。结果证明我们的困难困境加剧导航树的方式,最大限度地减少用户的导航成本是np完备性。合理(小树)最优算法和一种有效的启发式。实验结果验证的有效性提出了不同集的启发式查询和导航树相比,分类系统使用静态导航方法。BioNav系统的体系结构,并可在实现

引用











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