对胃癌基因表达数据分析

文摘

基因表达表明细胞的现状。样品与智人的正常和癌症的胃组织收集胃部组织通过提供不同的查询条件从地理和ArrayExpress数据库。人工管理是使用标准操作程序(SOP)对正常和癌变的情况。这些样品提交给小说IBAB算法开发,班加罗尔,来验证样品和识别胃癌的特定基因。该研究为胃癌条件检索到的1336个样本。从1336年样本众所周知,基因表达在胃癌12309;7531年基因不表达在胃癌。研究还为正常胃条件检索到的434个样本,通过分析众所周知,基因表达在正常胃是10477年和9327年在胃部正常基因不表达。相比之下,确定了2080个基因的表达在胃癌和不正常胃组织中发现。

关键字

基因表达、Meta分析胃癌,biocuration(人工管理)

介绍

元分析是一种方法,侧重于对比和结合不同的研究结果,在识别模式的希望研究结果,这些结果中存在分歧的来源,或其他有趣的关系,可能会在多个研究的背景。它可以帮助调查研究的特性和研究结果之间的关系。胃癌是世界上第五个最常见的癌症,在2012年952000例新病例确诊。幽门螺杆菌[1]是胃癌症的一个重要原因。

论文组织如下。第二部分描述了材料和方法,第三部分将显示结果。最后,第四部分提出结论。

二世。材料和方法

1。识别组织感兴趣的:

胃组织研究的物种选择智人。这项研究进行了癌变和正常状态。

2。从存储库的识别数据集:

微阵列实验的结果存入公共存储库。地理(基因表达综合)和ArrayExpress两个这样的公共存储库。这些数据库使用不同的数据集收集特定的查询项如下考虑:

3所示。人工管理:

数据验证要求的精度。验证样品需要一套规则和法规框架和严格,避免不健康的数据可能偏差结果。当前研究SOP(标准操作程序)提供,仔细的一组研究人员在IBAB,班加罗尔验证样本。SOP见表1描述了不同的条件选择有效数据集胃组织并分类样本为正常和癌症状态不同的类别。

4所示。识别关键的基因:

工具的新算法在IBAB[2],接受组织的名称,条件的数据集元分析,和提出的物种应开展的工作。关键的与癌症相关的基因和正常胃组织中使用这个算法的条件。基于评分法,该算法给出了可靠性得分的基因转录,而不是在研究转录。算法也给样品的数量,数量的研究,美国东部时间计数,比分一直派生。算法给出了两套基因,转录基因的第一列表,与可靠性得分和第二休眠基因列表,基本上是没有组织中表达的情况(正常和癌变)。

三世。结果

1。识别数据集从公共存储库(GEO和ArrayExpress):

查询设置准备从胃癌同义词和相关术语使用关系表达式,用于查询地理和ArrayExpress。这产生了1115个样本(点击),从地理和221年36个研究样本(点击)从10研究ArrayExpress, Affymetrix平台。同样的步骤之后胃部正常组织。这产生了222个样本(点击)21个研究地理和212个样本(点击)从6研究ArrayExpress, Affymetrix平台。图3显示了数据集的结果获得了查询条件。每次攻击包含样本,样本描述进一步用于人工管理。

2。Manua l管理:

微阵列数据的验证后进行手动SOP如表1中给出。图4显示了人工管理的框架。为每个样本筛选状态也提到有关(例如,如果规划条件是癌症和样本满足条件按照SOP),完全相关(例如,如果规划条件是癌症和样本属于正常组织或其他组织如肺、口腔、食管、卵巢等),而不是当前的优先级(组织,治疗继发性肿瘤,合并样本)。

人工管理后,进入管道样本描述。注册和登录过程完成后,显示查询接口页面中选择条件的类型(癌症或正常)。接下来,样品界面显示页面。这里,各自特点选择从下拉菜单中提供的接口。这些样品是上传通过单击上传按钮样品如图5所示

3所示。识别关键的基因:

使用该工具的新算法,关键与癌症相关的基因和正常胃组织的条件。基于评分系统,可靠性得分给出所有的基因转录的转录在研究过程中。以下是转录的基因与可靠性高的分数在癌症的条件。

四。结论

基因表达数据从公共存储库(GEO和ArrayExpress)编译应用荟萃分析算法比较表达的基因研究,识别差异表达基因在胃部正常组织和胃癌。基因显示癌症与可靠性高的分数微分表达式条件被确定。FAM149B1、MLN KIFC3等显示高变异的基因转录在癌症状况。进一步分析癌症组差异表达基因的条件会导致识别胃癌的药物靶点和生物标记物的状态。

诉确认

我想表达我衷心的感谢博士Basavaraj G Katageri S C博士马里的同意和指导帮助我成功地完成我的研究工作。

引用

1. Zuraihan扎卡里亚“白细胞介素- 10”的角色在幽门螺杆菌感染”2010年7月
2. Kshitish K Acharya沾光Chandrashekar, Neelima Chitturi, Hardik Shah Varun Malhotra Sreelakshmi KS, Deepti H, Akhilesh亚太区Sravanthi Davuluri, Pranami Bora, Leena Rao“小说组织基因表达的荟萃分析方法预测,启动基因表达与哺乳动物睾丸”数据库
3. 魔法Z, Radulovic年代,Brankovic-Magic M”互补脱氧核糖核酸微阵列:识别基因签名及其应用在临床实践”。J BUON。12增刊1:S39–44岁,2007年
4. Fangxin香港,Rainer灵。”比较分析方法检测”差异表达基因微阵列实验。24卷。3 2008
5. “统计和胃癌前景”。英国癌症研究。2014年2月19日检索。
6. Jakszyn P,冈萨雷斯CA”,亚硝胺及相关食物摄取和胃和食道癌的风险:一项系统回顾的流行病学证据”。世界杂志12(27):4296–4303、2006
7. “详细指南:胃癌治疗胃癌的类型和阶段的选择”。美国癌症协会。
8. 罗恩·埃德加·迈克尔·Domrchev和亚历克斯·E睫毛”基因表达综合:NCBI基因表达和杂交”数组数据存储库
9. 核酸的研究,2002年,卷,30号
10. 乔纳森·D·波洛克“基因表达分析;方法论的挑战,结果,和”成瘾研究的前景。脂类物质的化学和物理,121卷,241 - 256页,2002年12月31日。