研究和评论:动物科学杂雷竞技苹果下载志》上
菜单e-ISSN: 2321 - 6190 p-ISSN: 2347 - 2294
e-ISSN: 2321 - 6190 p-ISSN: 2347 - 2294
部门动物学勒克瑙大学勒克瑙、北方邦、印度
收到日期:15/04/2018;接受日期:06/06/2018;发表日期:08/06/2018
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三个同类的属的物种Cornudiscoides Kulkarni 1969 (Monogenoidea: Dactylogyridae)即。c . longicirrus c . aori和c . mystusi寄生于腮Sperata aor的检查。这些形态有效物种受到分子分析,使用部分28号,18 s rDNA和线粒体细胞色素氧化酶基因遗传特征。28 s和18 s核糖体标记是可靠的和有用的工具来跟踪进化联系在通用/特定水平。28日和18年代的比较研究显示这些物种与其他Cornudiscoides sp的密切的关系。同时,基于太COI结构蛋白质组学(1 d / 2 d / 3 d)证实了物种分化。除了分子特征、当前研究加强早期形态的验证这三种Cornudiscoides
Cornudiscoides longicirrus, Cornudiscoides aori, Cornudiscoides mystusi,Sperata,28岁和18年代核糖体亚基、蛋白质结构、聚合酶链反应、发展史
属CornudiscoidesKulkarni 1969 (Monogenoidea: Dactylogyridae)被认为是oioxenus(严格主机特定的/主机专家)monogenoid,寄生于唯一的物种Mystus Scopoli。一些鱼类Mystus在属Sperata冬青,1939属的地位发生了变化Cornudiscoidesmetasteoxenous(子范畴)的类别mesoxenous parastize鳃多个属的一个家庭(1]。到目前为止,十六个名义的物种Cornudiscoides据报道在印度(1)13寄生于Mystus种虫害和三Speratasp。(在早些时候属Mystus)。美国aor港口三个oioxenous同属的物种,c . mystusiDubey et al。c . longicirrusAgrawal等人,c . aoriAgrawal et al。Sperata优势是商业上重要的淡水猫鱼(2)有显著的食物值(3,4]。主机窝藏Cornudiscoides包括印度、尼泊尔、斯里兰卡、孟加拉国、缅甸泰国,印度支那,马来西亚半岛、新加坡、叙利亚和中国东印度群岛(3),属Cornudiscoides只报道来自印度、巴基斯坦、斯里兰卡和马来西亚半岛1,5]。
在本文中,我们使用了28 s和18 s核糖体DNA来描述Cornudiscoides物种和评估使用系统发育分析的关系作为分子的核糖体DNA是一种有效的分子标记分析由于大量的副本和可用性的高度保守的区域变量(6,7]。一些先锋工人已经报道的重要性28 s核糖体DNA的分子分类学和系统放置单独寄生虫(8,9]虽然有些报道,18 s核糖体DNA更有益的解释他们之间的关系基于线粒体细胞色素氧化酶1 d, 2 d和3 d(初级,二级和三级)蛋白质构象也被这里的物种分化。除了这些,我们尝试对基因的验证Cornudiscoides多品种复杂的侵害美国的优势证实形态学研究。
收集和识别
活鱼是从河Gomati和本地鱼市场采购的勒克瑙(26°8 80°9镑本部),印度北方邦。鳃被放置在培养皿中自来水和检查monogenoideans双目。寄生虫被放置在一滴水滑下盖玻片和确定使用“印度的百科全书Monogenoidea相差显微镜下Pandey和Agrawal(奥林巴斯BX-51、东京、日本)。尺寸和图纸的硬化部分查询Cornudiscoidesspp。(表1 - 4)从原来的描述1),本研究。
| 基因 | 引物名称 | 序列5 ' 3 ' | 源 |
|---|---|---|---|
| 28 s rDNA | 正向引物(Ancy 55) | GAGATTAGCCCATCACCGAAGG | 普莱桑斯et al。 |
| 反向引物(LSU 1200 R) | GCATAGTTCACCATCTTTCGG | ||
| 18 s rDNA | 正向引物(蠕虫) | ACGAATGGCTCATTAAATCAG | 普莱桑斯et al。 |
| 反向引物(蠕虫B) | TTGCTGCACTCTTCATC | ||
| 太COI | 正向引物(Asmit1) | TTTTTTGGGCATCCTGAGGTTTAT | Chaabane et al。 |
| 反向引物(Asmit2) | TAAAGAAAGAACATAATGAAAATG |
表1:基因的细节,引物及其来源。
| Monogenoideans | 主机物种 | 序列长度(bp) | 基因库。 | 细胞色素氧化酶 | |||
|---|---|---|---|---|---|---|---|
| 28岁的年代 | 18岁 | 细胞色素氧化酶 | 28岁的年代 | 18岁 | |||
| c . longicirrus | Sperata司令部 | 993年 | 1030年 | 393年 | KY009858 | KY01892 | 提交 |
| c . aori | Sperata司令部 | 998年 | 928年 | 395年 | KY009859 | KY018928 | 提交 |
| c . mystusi | Sperata司令部 | 1000年 | 1109年 | 395年 | KY091690 | KY091691 | 提交 |
| c . proximus | m . vittatus | 362年 | 600年 | - - - - - - | GQ925913.1 | KU235550 | |
| Thaparocleidus susanae | - - - - - - | 324年 | - - - - - - | - - - - - - | - - - - - - | KC962228.1 | - - - - - - |
| t . aori | - - - - - - | 328年 | - - - - - - | - - - - - - | - - - - - - | KC962227.1 | - - - - - - |
| Euryhaliotrematoides sp.1 | - - - - - - | - - - - - - | 1752年 | - - - - - - | - - - - - - | EU836217.1 | - - - - - - |
| Euryhaliotrema sp。3 | - - - - - - | - - - - - - | 1645年 | - - - - - - | - - - - - - | EU836215.1 | - - - - - - |
表2:的寄生虫(获得/从基因库中检索),宿主,碱基对长度和加入他们的号码。
| 字符 | c . longicirrus | c . aori | c . mystusi |
|---|---|---|---|
| Agrawal et al。(μm) | Agrawal et al。(μm) | 本研究(μm) | |
| 身体 | |||
| 长度 | 329 - 765 | 387 - 568 | 314 - 475 |
| 宽度 | 112 - 147 | 82 - 110 | 60 - 74 |
| 咽 | |||
| 直径 | 30 - 45 | 23-29 | 25 - 30 |
| 吸盘 | |||
| 长度 | 132 - 140 | 59 - 112 | 58-60 |
| 宽度 | 94 - 99 | 89 - 105 | 55 - 65 |
| 背锚 | |||
| 总长度 | - - - - - - | - - - - - - | - - - - - - |
| 内心的长度 | 44-48 | 36-38 | 品种马非常 |
| 外的长度 | 34-40 | 进一步 | 29-35 |
| 向后弯曲点 | 23-28 | 场比赛分别 | 21 - 24日 |
| 补丁 | 至24 | 12 - 15 | 11 - 14号 |
| 腹侧锚 | |||
| 总长度 | - - - - - - | - - - - - - | - - - - - - |
| 内心的长度 | 的观众 | 21 - 24日 | 21 - 24日 |
| 外的长度 | 22日至25日 | 第12 - | 22日至25日 |
| 向后弯曲点 | 14 - 16 | 13 - 15 | 至24 |
| 背侧栏 | 29-42 | 一个进一步 | - 34 |
| 腹侧栏 | 68 - 114 | 76 - 112 | 31-34 |
| 卵巢 | |||
| 长度 | 71 - 96 | 45 - 72 | 50-56 |
| 宽度 | 55 - 70 | 30-46 | 则高达55 - |
| 睾丸 | |||
| 长度 | 79 - 96 | 51 - 61 | 71 - 74 |
| 宽度 | 52 - 62 | 34-46 | 73 - 76 |
| 钩子 | |||
| 大钩子 | - 28 | 17-22 | 24 - 26日 |
| 小钩子 | 12 - 14 | 11 - 12 | 13 - 14日 |
| 交配的复杂 | |||
| 交配的管 | 71 - 96 | 48-45 | 86 - 89 |
| 附件部分 | 32-40 | 21 - 24日 | 28 - 30 |
| 阴道 | |||
| 长度 | 31-42 | 31-42 | 40 - 50 |
表3:测量三种Cornudiscoides,寄生于Sperta优势。
| 特征 | Cornudiscoides longicirrus | Cornudiscoides aori | Cornudiscoides mystusi |
|---|---|---|---|
| 背锚 |  |
 |
 |
| 腹侧锚 |  |
 |
 |
| 背侧栏 |  |
 |
 |
| 腹侧酒吧 |  |
 |
 |
| 大钩 |  |
 |
 |
| 小钩 |  |
 |
 |
| 交配的复杂 |  |
 |
 |
| 阴道电枢 |  |
 |
 |
表4:困难的部分c . longicirrus aori和c . mystusi在原始描述。
寄生虫是存储在无水酒精分子分析。基因组DNA提取使用DNeasy血液和组织工具包(试剂盒、希尔登,德国)按照制造商的协议。部分28 s rDNA 18 s rDNA和太COI地区使用引物所放大表1。聚合酶链反应(PCR)扩增进行最后一卷12.5μl,包含10×缓冲区(100毫米三,pH值9.0),50 mM氯化钾,MgCl2 15毫米,2.5 U Taq酶,10毫米的deoxynucleotide三磷酸(核苷酸)和3μl DNA。28和18个年代,热循环后档案利用:变性的DNA (94°C 3分钟。);35周期放大(94°C 30年代,52°C 30年代和72°C 2分钟);10分钟扩展和维持在72°C。COI,变性的DNA(5分钟。95°C);35个循环扩增(94°C 1分钟。50°C 1分钟,1分钟。72°C);6分钟扩展和维持在72°C。PCR产品可视化在2%琼脂糖凝胶TAE (Tris-acetic acid-EDTA)缓冲区,沾染了溴化乙锭(EtBr)紫外(UV)光。纯化PCR产品用于测序。 Sequencing was done by Amnion Biosciences, Bangalore using an automated sequencer (Model Name 3130×1/3130x/GA-1203-019). The obtained nucleotide sequences (partial 28S and 18S rDNA) ofCornudiscoides仕达屋优先计划。被用于系统发育分析以及发表序列,从基因库中检索(表2)。
序列分析
Blastn进行序列相似性搜索新获得的部分序列28 s和18 s rDNA地区。核苷酸(ATGC)计算通过https://www.sciencebuddies.org。进行系统发育分析使用大型6.06 (10)并通过Neighbor-joining新泽西和最小生成树进化(我)方法在1000引导价值。翻译是由细胞色素氧化酶(COI)基因的核苷酸序列浮雕transeq 6.6.0 Expasy[工具版本11,12]。所有星号都省略了从初级蛋白质数据集(1 d /氨基酸字符串)c . longicirrus aori和c . mystusi。ExPASy第一参数被用来预测氨基酸的统计值(表5)序列13]。三维构象的一维数据集是由线程生成方法(序列查询覆盖率低于80%)使用不对(隐马尔科夫模型),促进靶蛋白的同源模板的搜索(14]。target-template复合物被妄想1.10.1预测(15,16]。目标和模板蛋白质构象注释用不同的颜色(c . aori longicirrus和c . mystusi编码有红、绿、红色当模板所有物种的青色蓝色)。均方根值(RMSD)计算估计序列目标之间的分歧和模板蛋白序列(15,16]。
| 美国没有。 | 寄生虫名称(目标) | 数量的氨基酸 | 分子量 | 积极/带负电荷的氨基酸 | 最佳匹配模板 | 查询/信心 覆盖/百分比身份 表示值 |
|---|---|---|---|---|---|---|
| 1 | c . aori | 126年 | 14848.31 | 9/4 | d12asa | 34% / 16.4% / 42% / 0.000Æ一¦ |
| 2 | c . longicirrus | 120年 | 14055.50 | 14/6 | c2e5zA | 17% / 21.7% / 30% / 0.000Æ一¦ |
| 3 | c . mystusi | 125年 | 15148.36 | 5/9 | d1scfc | 22%/24.4% / 30% / 0.000Æ一¦ |
表5:特征的蛋白质数据集和模板。
分子研究
不同的分子标记的扩增子的长度c . longicirrus aori和c . mystusi是993、988和1000个碱基对大型核糖体亚基;1030年、928年和393年小核糖体亚单位和1109个碱基对,COI的395年和419年。Blastn寻找大亚基的核糖体DNA和小亚基这三个物种显示最高的序列相似性c . proximus。估计G + C含量的价值c . longicirrus aori和c . mystusi28 s rDNA为45.9%,45.3%,46.7%;18 s rDNA 46.9% 48.4% 46.7%和34%,分别为31.3%和32.6%,线粒体基因。小核糖体亚基在核苷酸成分变化比大亚基是守恒的28 s rDNA地区相比更少。Clustalω基于对齐显示,985碱基对(bp)对齐网站28 s rDNA地区,其中137网站替换(128吝啬信息网站和9 parsimony-uninformative网站)和7个网站插入/删除。18 s rDNA地区显示886个基点定位网站有76替换(74吝啬信息网站,2 parsimony-uninformative)和19插入/删除。
系统发育分析
六个新获得的检索和其他序列(基因库)被用来重建系统发育树(NJ和我方法)两个不同的地区(部分28 s和18 s rDNA)来评估这三个物种的基因亲戚关系(本研究)与其他Cornudiscoides物种(图1和2)。所有系统发育树描述支持引导价值观和类似的进化模式查询物种用于研究(图1和2)。的Cornudiscoides种Sperata优势集中在一起,形成一个妹妹集团c . proximus(寄生虫Mystus物种)和一个独立的分支Thaparocleidus sp。(图1)和Euryhaliotrematoides sp。图2)。Thaparocleidus和Euryhaliotrematoides视为外群体。在28 s系统树c . aori和c . longicirrus更密切相关c . mystusi,形成一个小组c . proximus。然而,18岁地区基于树显示之间的紧密联系c . aori和c . mystusi比c . longicirrus。
图1:树拓扑发现部分使用NJ 28 s rDNA数据/我/ UPGMA方法引导值我和NJ法分支之上和之下的(如图所示)。/ p >
图2:树拓扑发现部分18 s rDNA数据使用NJ /我/ UPGMA方法引导值我和NJ法分支之上和之下的(如图所示)。
3 d Cornudisoides蛋白质的构象。
每个查询的物种包括独特的氨基酸组成(主要数据集)表明物种变异在初级水平表5)。然而,2 d构象的主要特征(无序、一个螺旋Beta-strand和TM螺旋)也特有的所有三个查询的物种。c . aori7%,41%,31%和13%,无序,一个螺旋,Beta-strand和TM螺旋是8%,98%,0%和65%c . mystusi。然而,2 d的构象c . longicirrus只有无序(16%),α螺旋(45%)和β链(18%)。所有三个三级结构Cornudiscoides spp。也不同(图3一- - - - - -3 c),而物种分化。然而,物种不同,叠加target-template复合物,结构调整的目标和预测的模板蛋白质结构标识/建议两个蛋白质序列之间的相似性。相同的目标蛋白质序列注释相同颜色的模板。类似的不匹配/情况序列留在原来的颜色(图3 d和3 f)。c . aori longicirrus和c . mystusi0.00,所有三个RMSD值分别与模板(表5)。而结构叠加所有三个Cornudiscoides spp。有0.633 RMSD价值暗示这三个物种序列之间的差异。基于3 d蛋白质结构基因组连锁显示或多或少类似的构象c . longicirrus和c . mystusi而c . aori符合不同的结构。这些结构的相似之处也可见Cornudiscoides硬化的地区的物种(表4)。c . longicirrus和c . mystusi几乎相同的形态学特征(生殖器官长与线圈/扭)而不是c aori(短,简单)。拉马钱德兰情节值表现出,87.2%的氨基酸青睐的地区,在异常地区允许的5.1%和7.7%c . aori100%,0.0%,0.0%,94.4%,5.6%,0.0%c . mystusi和c . longicirrus分别。这些值表明c . mystusi和c . longicirrus有稳定和良好的构象而c . aori稳定和平均假想的蛋白质结构。
图3:(一)的三维构象c . aori(B)c . longicirrus(C)c . mystusi(D) target-template复杂的c . aori (E) c longicirrus (F)c . mystusi。
Agrawal等人形态三个monogenoidean物种来自Sperata即进行验证c . longcirrus aori和c . mystusi基于形态学的生殖器官(物种分化的关键角色)。寄生虫学的文档早些时候已经证明monogenoid提供物种的生殖器官水平鉴定(17]虽然haptoral部分是通用的重要性。这里,分子工具已经用来补充基于形态学物种鉴定、遗传特性和系统的这三种位置Cornudiscoides。的pcr进行物种鉴定DNA测序证明值得密切相关的同类的寄生虫(18]。monogenoids仍在使用的核糖体DNA快速评估系统发育关系在家庭和subfamiy水平(19- - - - - -21]。基于核糖体DNA的分析是真正有用的证明和内或之间的变化Cornudiscoides物种从高度保守的发展在不同的利率(18岁,5.8年代和28 s)变量(转录和non-transcribed或IGS)地区(22和类群提供校准更加容易23)有用的遗传特性的物种。目前的工作证据,28日和18年代区域比较研究核糖体DNA显示相当大的序列相似性在基因水平和差异在特定水平。
Phylograms 28 s和18 s核糖体DNA区域描述相同的拓扑,并显示它们之间明确的关系。的进化联系Cornudiscoides物种表明,进化的Cornudiscoides spp。寄生于Mystus之前那些污染吗Sperata正如前面已经所示的文档(24]。Lakra等人,它揭示了co-speciation宿主和寄生虫。如果寄生虫演示了主机切换的现象,系统之间的一致性parasite-host将不完美的和基于寄生虫的宿主物种形成不能跟踪(25- - - - - -31日]。
基于COI蛋白质构象是有效的放松寄生虫社区之间的复杂性。线粒体基因组数据库访问世界各地,无疑促进了全球识别系统和补偿与所有赤字基于形态学的物种分化。内部/种间使用线粒体地区生物多样性很容易预测,专门为基因组修改下地理变化,兄弟姐妹物种,杂化形式,错误的位置、错误识别和验证的分类机构。因此,基于序列的基因识别系统为证实分类带来了现代生物学基础和在一起研究这是一个地面的现代科学技术。这里,参与翻译线粒体DNA序列的生物识别使用提供了杰出的方法识别和区分物种的多品种复杂密切相关Cornudiscoides(由Agrawal验证等)。太COI基因的蛋白质编码区主要影响物种的形态特征(18]。这些形态变异物种特定。内部的蛋白质组研究Insilco看似有价值/国米之间的特定的物种分化和验证寄生社区。因此,以计算机为基础的研究线粒体序列显示迅速预测基因变异在不同水平的方法。基本信息(1 d数据集/氨基酸序列)表明这三个之间的遗传变异性Cornudiscoidessp。这些变化表达成完全不同的2 d / 3 d的蛋白质构象。结果1 d和2 d / 3 d构象协助基因验证三个查询种类的多品种复杂。所有物种的3 d蛋白质构象有完全不同的人物,解释物种变异和提供即时视图区分同类的物种。查询物种的信息丰富的基础结构蛋白质组学数据表明100%正确识别和区分。我们的观察支持位置查询这三个物种的早些时候Cornudiscoides因为它们是基因相互结盟也反映在monogenoids硬化的部分。
分子生物学物种似乎印证了形态识别的三个查询c . longicirrus aori和c . mystusi(血缘的其他Cornudiscoides spp)和显示基因的区别。另外COI加强遗传连锁的使用和查询物种的分化。看来,我们的价值和任何分类方案的鲁棒性,较低,较高的分类类别;依赖物种鉴定的基本概念。
这项工作是财务在大学拨款委员会的支持下,印度Jyoti Verma [F25-1/2013-14 (BSR) / 7 - 109/2007)和Nirupama Agrawal [F-410/2010]和[F。6-6/2017-18 /名誉- 2017 - 18 - gen - 9293 / (SA-II)]。