遗传多样性的阿拉伯马钉“Borike”(波斯尼亚和黑塞哥维那)利用微卫星标记

文摘

第一个阿拉伯马的遗传多样性评价学生“Borike”(波斯尼亚和黑塞哥维那)进行了这项研究。从全血基因组DNA提取收集来自20个阿拉伯马。共有17个微卫星位点扩增PCR。平均每个位点的等位基因数为4.29,不同从3 (HMS7、AHT5 HMS3, HMS1和CA425) 8 (HTG6)。观察到的杂合性范围从0.4 (HMS1)到0.8 (ASB23 HTG7)平均值为0.6291,预期杂合性范围从0.5088 (HMS1)到0.7938 (HTG6)平均值为0.6529。图片值波动从0.4023 (HMS1) 0.7643 (HTG6)平均值为0.5901。近交系数的范围从-0.0082 (CA425) 0.4213 (HTG10)平均值为0.0621。偏离哈迪温伯格平衡(p < 0 05)被发现在5个位点(HTG6、HTG10 HTG7, ASB17和LEX3)。HTG6轨迹显示最高,而轨迹HMS1显示遗传多样性最低。结果表明遗传多样性的主要损失不影响阿拉伯马的人口抽样从学生“Borike”,表明阿拉伯马从波斯尼亚和黑塞哥维那属于现代阿拉伯马的人口。

关键字

阿拉伯马繁殖、种群结构、遗传标记

介绍

阿拉伯马是世界上最古老和最具影响力的品种,在世界范围内的分布。它参与了很多其他的马品种的遗传构造,如纯种马和Lipizzan [1,2]。阿拉伯马也参与了波斯尼亚的形成和Herzegovinian山马3]。历史记录表明阿拉伯马引入波斯尼亚和黑塞哥维那(b h)在奥斯曼帝国时期。螺柱“Borike”成立于1895年,阿拉伯马在b h品种和玫瑰。现在,阿拉伯马人口从b h是适应本地区的生态和地理条件(3]。

发现在短串联重复序列(STR或微卫星)多态性位点和聚合酶链反应(PCR)方法的引入导致的建立非常强大的“万能”的个体识别和亲子关系控制方法在人类和动物4]。微卫星是高度多态和共显性遗传的等位基因遗传标记,相对容易得分。微卫星重复区域的两个7核苷酸单位,主要发生在非编码DNA区域(2]。微卫星用于遗传图谱构建,研究种群遗传结构、遗传变异、分子进化研究,研究的基因流,法医科学和血统检测标记(2,5]。

阿拉伯马的遗传多样性利用microsatelites已被调查,包括阿尔及利亚阿拉伯马(6阿拉伯马[],西班牙7从Charmahal-va-bakhtiari省),阿拉伯马4),罗马尼亚的阿拉伯马(8),波兰的阿拉伯马(9),叙利亚阿拉伯马(1),中东阿拉伯和西方的阿拉伯马的数量(10),伊朗的阿拉伯马(2)和欧洲Anglo-Arab马(5]。

然而,阿拉伯马的遗传多样性使用微卫星从b h尚未研究。在本文中,我们报告的结果首先分析遗传多样性的阿拉伯马人口从b h用17个微卫星标记推荐的国际社会动物遗传学(ISAG)。

材料和方法

示例包括20阿拉伯马在学生“Borike”长大,b h。从全血中提取DNA, pcr分析。使用无菌针头和EDTA真空容器,血液从v。jugularis每一个动物。盐析的基因组DNA隔离方法,最初开发对人体血液11),修改和调整的马血,我们实验室条件(3毫升的血液;10毫升的裂解缓冲;4毫升的PBS;4毫升Kern-lysis缓冲区;150μl 20% SDS;100μl试剂盒蛋白酶和0,5毫升6 M氯化钠)。用分光光度法测定DNA的浓度提取,使用分光光度计紫外线mini -1240 (日本岛津公司)。利用改进的StockMarks核DNA多态性是评估^®马(应用生物系统公司)试剂盒用于同步放大17匹马微卫星位点。放大微卫星碎片的大小进行了分析使用ABI棱镜^TM310年基因分析仪。扩增片段大小的测定进行了使用GeneMapper ID v3.2软件。等位基因的大小范围内,主要的等位基因频率(f_米),许多不同的等位基因(A_N),多态信息含量(PIC) [12),观察到的杂合性(H_O),预期的杂合性(H_E)[13),近交系数(f) (14)和偏离哈迪温伯格平衡(HWE) [15)计算使用POWERMARKER 3.25 (16]。有效等位基因数(AE)估计为1 /Σpi²,p是等位基因频率在给定的轨迹。简单比例数量的有效等位基因的数量和检测到的等位基因(A_E/一个_N(如果)和主要的等位基因频率索引_米)计算提出了Pojskic [17]。比率表明之间可能的不均衡的有效等位基因数和数量被直接计数。主要的等位基因频率指数显示出更大的频率大于预期,假设等于所有检测到的等位基因频率在给定轨迹。它是表示为f_米/ (1 /_N);f_米代表了主要的等位基因频率和一个_N是检测到的等位基因的数量在给定轨迹。许多不同的基因型(G_N)估计,因为最大数量的可能的基因型(G_E)计算k (k + 1) / 2, k是检测到的等位基因数在给定的轨迹。同时,检测基因型数量之间的比例和最大可能的基因型(G_N/ G_E)估计。

结果

在第一个阿拉伯马的遗传多样性评价b h使用17个微卫星位点进行遗传分析。所有的位点,研究报道成功而被放大。结果等位基因大小范围内,主要的等位基因频率(f_米(如果),主要的等位基因频率索引_米),许多不同的基因型(G_N可能的基因型(G),最大数量_E),克_N/ G_E比,检测到的等位基因(A_N),有效等位基因数(A_E),一个_E/一个_N比预期的杂合性(H_E),观察到的杂合性(H_O),多态信息含量(PIC),近交系数(f)和偏离哈迪温伯格平衡(HWE)表1中给出。总共73等位基因被发现在所有的位点。在单个位点等位基因的大小不同的79至251个基点。PCR产品尺寸变化从79年到97年英国石油公司在轨迹HTG6位点ASB2 237 - 251个基点。每个位点等位基因的数量范围从3 (HMS7、AHT5 HMS3, HMS1和CA425) 8 (HTG6)平均值为4.29。之间的比例最高有效等位基因的数量和检测到的等位基因的数量建立在ASB23(0.9804),表明在给定的位点等位基因检测都是有效的。价值最低的是观察到HMS2轨迹(0.5128)显示,只有一半的等位基因检测是有效的。这一比率平均值为0.6709。主要的等位基因频率的最大价值指标检测HMS2(2.7500),但无统计学意义(P > 0.05)。ASB23位点的发现价值最低(1.2000),也无统计学意义(P > 0.05) (表1)。这个参数的平均值是1.9162。最多数量的观察发现基因型为HTG6轨迹(12)和最低HMS1轨迹(4)。在所有位点基因型检测到的平均数量是7.12 (表1)。标记之间的不均衡数量的检测基因型和最大数量的可能的基因型检测HTG6轨迹(0.3333)。另一方面,在ASB23轨迹检测到的等位基因的数量达到最大数量可能的基因型(GN / GE = 1.0000)。观察到的杂合性范围从0.4 (HMS1)到0.8 (ASB23 HTG7)平均值为0.6291,预期杂合性范围从0.5088 (HMS1)到0.7938 (HTG6)平均值为0.6529。

观察到在位点杂合性AHT4、HMS7 AHT5, ASB23, ASB2, HTG7, HMS3 HMS2高于预期值。图片值波动从0.4023 (HMS1) 0.7643 (HTG6)平均值为0.5901。近亲繁殖系数介于0.4213 - 0.0082 (CA425) (HTG10)平均值为0.0621。统计上显著偏离哈迪温伯格平衡(P < 0.05)被发现在5个位点(HTG6、HTG10 HTG7, ASB17和LEX3)(表1)。

讨论

阐述了第一个数据从b h阿拉伯马人口的遗传多样性。股票是工具包中包含所有的位点,用于分析,二核苷酸重复。在单个位点等位基因的大小变化从74年到268年,英国石油公司(18]。结果等位基因的尺寸范围在之前所描述的范围。我们观察到的一个等位基因,与预期的尺寸范围(VHL20, HTG7和HMS1)和超出预期的大小范围(ASB17)。

平均有效等位基因数轨迹在我们的研究中发现类似于Khanshour et al。10]研究西方的阿拉伯马的数量(2.12 - -3.41),但低于观察中东阿拉伯马的数量(3.30 - -4.23)10]。在单个位点等位基因的数量在我们的研究高度可变。相同程度的变异等位基因的数量(3 - 8)被描述为叙利亚阿拉伯马(1)和欧洲Anglo-Arab马(15]。同时,类似的变化范围(3 - 9)描述了阿拉伯马Charmahal-va-bakhtiari省(4和伊朗的阿拉伯马2]。平均每个位点的检测到的等位基因数建立在我们的研究中是类似的结果Glovatzki-Mulls et al。19)在阿拉伯马人口平均等位基因数为4.8,以及与Khanshour et al。20.- - - - - -24]研究西方的阿拉伯马的数量(3.0 - -5.67)和Tozaki et al。5人口(4.5)]研究阿拉伯马。另一方面,在侏罗山脉等。20.)遗传多样性研究阿拉伯马的意思是等位基因的数量比我们低得多(2.132)。一般来说,平均等位基因在我们的研究中低于报道在以前研究阿拉伯马(5.13 - -8.47)1,4,6,8,10,21- - - - - -26]。一般来说,品种之间的差异和平均数量的等位基因可能取决于数量的等位基因的分析,样本数量,组选择微卫星标记以及人口结构。

我们的结果的平均HO类似结果之前柯南特报道阿拉伯马等。21)(0.64),Glovatzki——考虑等。19)(0.61),Iwanczyk et al。23)(0.645),Khanshour et al。10)(0.40 - -0.69),路易斯et al。24)(0.624),van de Goor et al。25(0.645)和Vega-Pla et al。26(0.6353)。侏罗山脉等。20.阿拉伯马]报道低HO值(0.307)。何鸿燊的平均价值在我们的研究中都低于在其他研究报告对阿拉伯马人口(0.68 - -0.72)1,4,6,8,10,22]。缺乏的杂合的阿拉伯马以前所描述的Di Stasio et al。22]。根据Khanshour Cothran [27)每个位点的等位基因数在现代阿拉伯马人口变化2.8到5.6和5.1到8.5之间的古老的人群。在现代阿拉伯马人口HO 0.39到0.67之间的价值观不同而旧的值介于0.68至0.072之间。现代人普遍表现出较低的值的多样性。等位基因的数量和杂合性的数据表明,从b h阿拉伯马人口人口属于现代阿拉伯马。他发现的值在这个研究是类似于阿拉伯马的人群的价值观报道Georgescu [8)(0.665),Glovatzki-Mulls et al。19)(0.63),Iwanczyk et al。23(0.646)和Khanshour et al。10(0.46 - -0.69)。降低他的值(0.327)为侏罗山脉et al。20.]。平均值的他说文学对于其他阿拉伯马的人群,主要范围从0.6725到0.772 (1,4,6,10,21,22,24- - - - - -26]。比较我们的结果的平均等位基因数、平均有效等位基因数,平均HO和他的价值观与Khanshour et al。10)的结果,我们可以假定人口的阿拉伯马b h属于西方的阿拉伯马的数量。这些结果支持我们表明阿拉伯马的人口从b h属于现代阿拉伯马。位点AHT4、AHT5 HMS7、ASB23 HTG7, HMS3 CA425显示,观察杂合度高于预期值,而剩下的位点。观察到的杂合性低于预期。在研究人群中,平均HO和他类似的价值观。这些结果可能表明足够的动物之间的异质性。低变异性的阿拉伯马的数量已被证明在大多数研究[22,28,29日]。何和他之间最大的差异,在我们的研究中观察HTG10轨迹。相同的轨迹显示近亲系数最高,最高的偏离HWE和大量杂合子赤字。根据Galov et al。30.)高度显著偏离HWE结合大量杂合子赤字很可能表明locus-specific由于无效等位基因的基因问题。

在种群遗传分析,遗传标记图片值高于0.5通常被认为是信息(31日]。意思是图片建立在我们的研究中是0.5901虽然个人照片值低于0.5四个位点:HMS7, HTG7, HMS3 HMS1。至少10个微卫星位点应该使用,以达到最大程度的排除在马1]。图片值,观察到我们的工作,建议76.47%标记(13个微卫星位点)非常丰富遗传多样性研究的适用性,同时保持位点是相当有益的。HMS1轨迹显示了我们的研究遗传多样性最低。然而,这轨迹,随着LEX3,并不在粮农组织推荐的标记多样性研究[25]。我们工作中,检测出一种近交系数增加。相同的指标是报道西班牙阿拉伯马人口(7和波兰人口阿拉伯马9]。可能的原因可能是近亲交配。HTG10轨迹的值可能是由于无效等位基因的基因分型结果locus-specific问题。

本研究的结果表明,阿拉伯马的人口抽样从学生“Borike”不是影响遗传多样性的主要损失,表明阿拉伯马人口从b h属于现代阿拉伯马的数量。当考虑所有观察到的参数,可以得出结论,HTG6轨迹显示了最高,而HMS1轨迹显示阿拉伯马遗传多样性最低的人口从b h。然而,假设的值,他和图片约0.6,我们认为,基因座HTG6 ASB23, ASB2 ASB17最多态。近交系数的增加和足够的动物之间的异质性表明出现近亲交配。目前的研究有助于理解人口结构和人口的遗传多样性现状调查。此外,结果可能会帮助马育种者建议品种管理设计育种策略。

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