brca突变分析2基因SNP检测乳腺癌负责

普拉萨德,国会议员¹,瑞卡塞提²

资深科学家,Sangenomics研究实验室,班加罗尔,印度卡纳塔克邦
耆那教的大学微生物学系教授、卡纳塔克邦,印度班加罗尔

文摘

癌症是由于失败的机制,通常控制细胞的生长和增殖。乳腺癌是最常见的一种恶性肿瘤导致全世界女性的高死亡率。突变在两大类型的基因与癌症的发病:protooncogenes和肿瘤抑制基因。集群一些乳腺癌,尤其是在家庭与继承相关突变基因BRCA1或BRCA2等。乳腺癌的病因是一个复杂的环境和遗传因素的组合,所以遗传多态性测定提供了一种新的方法来研究遗传疾病的病因复杂。BRCA2突变高度渗透和多态,导致更高的患乳腺癌的风险。因此合理,BRCA2基因变化导致疾病或与疾病相关的机制。单核苷酸多态性,通常称为单核苷酸多态性是最常见的遗传变异基因之一。snp作为生物标记,帮助定位与疾病相关基因。所以我们花了SNP分析技术检测特定BRCA2基因的外显子的突变。苏格兰民族党是由聚合酶链反应(PCR)检测和限制片段长度多态性(RFLP)。我们在两个样本检测SNP的22个样本。

关键字

乳腺癌,BRCA2, SNP, PCR-RFLP

介绍

癌症是由于失败的机制,通常控制细胞的生长和增殖。癌症发生机制,维持正常的增长率故障导致多余的细胞分裂。乳腺癌是女性最常见的癌症,在肺癌之后世界上第二个最常见的癌症[1]。约50 - 75%的乳腺癌源自泌乳导管,从小叶在10 - 15% [2]。女性具有相同BRCA2突变可能开发乳腺癌、卵巢癌或其他癌症在不同年龄段或不[3]。BRCA1和BRCA2基因后发现了乳腺癌易感性基因检测被引入临床实践。在过去的十年中,测试也已开始在亚洲和在发展中国家,在一个小得多的程度上[4]。在一般人群中,估计brca1突变载波频率是每800每1000个人和brca2突变载体之一[5][6]。人们一直认为BRCA2突变导致同源染色体不稳定主要是由于缺陷recombinationmediated DNA修复途径[7]。

两大类型的基因突变与癌症的发生:原癌基因和tumorsuppressor基因。BRCA2,位于13号染色体上,已被确定为一个乳腺癌易感性基因[8]。BRCA2基因突变容易使人乳腺癌、卵巢癌和其他癌症,几乎一半的情况下早发性乳腺癌遗传与变异BRCA2基因[9][10]。符合肿瘤抑制状态的基因,肿瘤发展航母的杂合的BRCA2突变经常与杂合性丢失BRCA2轨迹[11]。错义突变,intronic变异和inframe删除或插入BRCA1或BRCA2授予终身患乳腺癌的风险从60到85% [12][13]。BRCA1和BRCA2突变携带者的风险可以进一步修改其他遗传或环境因素[14]。这些研究评估常见的遗传变异(单核苷酸多态性;snp)已被证明与乳腺癌风险有关的女性一般人群通过基因组——广泛的关联研究[15][16]。这些可能是一个重要的因素导致的功能多样性编码蛋白质在人类人口[17]。在这项研究的SNP检测聚合酶链反应(PCR)和限制片段长度多态性(RFLP)。

二世。材料和方法

答:样本集合

乳腺癌组织的临床样本收集于癌症医院在班加罗尔和保持在-20 oc直到进一步使用。

b DNA隔离

DNA分离苯酚:氯仿提取。大约30毫克的组织切成小块,切成2毫升microfuge管。组织与蛋白酶k消化提取缓冲(100毫米三,10毫米EDTA和250毫米氯化钠,pH = 8.0和1%十二烷基硫酸钠)一夜之间在37 0 c。DNA纯化曾经与相同体积的苯酚:氯仿:异戊醇(25:24:1)和曾与氯仿:异戊醇(24:1)并使用相同量的冷冻异丙醇沉淀。DNA样本测试0.8%琼脂糖凝胶上定性和量化使用Nanodrop分光光度计。

c . PCR扩增

聚合酶链反应在最后进行卷25μl包含100 ng DNA, 3 U Taq DNA聚合酶,每个核苷酸MgCl 2.5毫米,2.5毫米和100 pmol引物。6000年Corbett RG DNA扩增进行热循环使用下列条件:完成变性5分钟(94°C),紧随其后的是40周期放大(94°C 45秒,55°C 1分钟,1分钟72°C)和最终伸长步骤5分钟(72°C)。

d . RFLP

放大的基因被消化的反应建立限制消化5μl放大产品,2μl 10 x缓冲区,1μl限制性内切酶和12μl H2O(20μl总)。然后,放置在水浴反应管设置为37°C和孵化一小时。添加2 ul染料和加载示例加载到自己的2%的琼脂糖凝胶。这种凝胶被拍到与惠普Alpha-imager。

三世。结果与讨论

本研究的隔离和检测单核苷酸多态性从人类乳腺癌临床样本。从医院的临床样本收集在班加罗尔,印度。使用Phenol-choroform提取基因组DNA提取方法和量化在260纳米热科学Nanodrop 1000分光光度计。DNA的质量评估在0.8%琼脂糖凝胶(图1)。

BRCA2基因筛选了SNP的外显子8。BRCA2基因放大使用BRCA2正向引物(5 ' -CATCTGTTTTGATAGGTCTTAG-3 ')和BRCA2反向引物(5 ' - CAGCGTTTGCTTCATGGAAA-3 ')放大样本孵化与特定的限制性内切酶(HINF 1)。限制样本2%琼脂糖凝胶上运行。识别BRCA2基因的遗传缺陷导致乳腺癌的发展,我们发现一个之前报道的SNP。乐队的结果分析和模式的22个样本显示,两个样品被限制性内切酶切割(图2)。

在班加罗尔乳腺癌患者中,两个患者被发现携带exon-8 SNP基因型表明突变在特定网站。BRCA2被发现显著相关乳腺癌。单核苷酸多态性也可以用来跟踪疾病的遗传基因在家庭。单核苷酸多态性在全基因组关联研究应用程序,像一个高分辨率的标记与疾病相关的基因图谱和正常的特征。本研究可以继续进一步对药物的发现这种突变。

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