使用DNA序列重造基因组

描述性

基因组解析算法使细菌基因组从复杂微生物混合中衍生出脱氧核糖核酸序列数据重构元集合基因组从此过程产生,可附加注释预测其功能工具箱可据以进行微生物级功能分析方法的一个主要问题就是元集合基因组通常有不同层次的基因组完整性,这意味着整片微生物脱氧核糖核酸并非总记录在重构基因组中基因组完整性主要通过单片核心基因估计,预计大多数细菌中都能找到单片核心基因。常用元集合基因组完整性值低至70%对微生物群落功能分析然而,如果基因组估计完全达70%,则数组实际编码中的许多函数可能不会在元组化基因组中捕捉到,因此基因组功能能力会被低估。不计算元集合基因组完整性水平,可能导致研究者错误解读结果,例如原形缺缺函数被误译为实生信号

当细菌从寄生虫或自由生存生命周期转向永久宿主状态时,它们损失了大量基因mycoplasmas和关联细菌从细菌基因组大小上向下端下降与先前理论相反,早期分子遗传学调查显示, mycopsasma表示进化衍生条件此外,现在人们理解到,强制宿主相关细菌的基因组缩水以多种不同形式出现,近似镜像只是其中之一依赖寄主细菌从宿主的细胞图或组织中获取多种新陈代谢所需物质后能消除自身代谢路径和相关基因多位特殊基因损耗由消除

并没有足够的基因支持自主细胞开发复制,小基因组生物必须使用各种基因实现这些辉煌非ordologos基因移位是实现过程的一部分换句话说,执行一函数的基因代之以执行不同函数的基因不再有多余的DNA祖先基因组后代小基因组中的染色体删除量取决于基因组消减程度进化过程之一是选择不同类型细菌基因组的大小可以用两个更重要机制来解释。基因重复和横向或横向基因转移可能涉及插入期间大规模遗传物质转移假设没有选择约束机制,基因组往往会变小

自由生存的细菌通常拥有庞大的基因转移群结果,选择可用于消除自由生存细菌中的有害序列,产生相对小数伪基因持续选择压力可见,因为自由生物细菌需要在没有宿主帮助下生成所有基因产品自由生存细菌开发各种细菌的最大细菌基因组是有道理的,因为基因转移极有可能发生并有选择地对哪怕微小有害删除施压最小基因组大小见强制寄生虫和共生子,这是删除偏差持久结果的结果对寄生虫有选择压力 进化居住 特殊栖息地相当低遗传漂移支配微生物进化,而微生物专用于特殊切片大部分不必要序列清除后长时间接触删除偏差symbiont少得多 并有 最坏瓶颈 任何细菌类型共生细菌基本没有时间转移基因,导致高基因组压缩

这并不表示所有细菌基因组正在变小和变复杂仍有一吨细菌基因大小保留甚至生长在祖先状态上,尽管许多不同菌种从祖先形式缩水大型生物群、快速生成率和相对高遗传机率都是自由生存细菌的特征。删除偏差往往消除无谓序列,选择可在自由生存细菌新基因和过程演化中起重要作用。