研究和评论:动物科学杂雷竞技苹果下载志》上
菜单e-ISSN: 2321 - 6190 p-ISSN: 2347 - 2294
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楼陀罗Prasanna Banerjee1Ganguli, Sayak2*,Moumita Adhikary2和Abhijit达塔3
1分子生物学和部门遗传学总统大学加尔各答,印度西孟加拉邦。
2印度生物技术部中心生物信息学总统大学加尔各答,印度西孟加拉邦。
收到日期:28/08/2012;接受日期:18/01/2013;发表日期:09/04/2013
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最近发现的小分子核糖核酸令许多人感到意外,因为他们非正统的特性和广泛的功能。~ 22个核苷酸,这些微小rna控制等途径发展时机、造血、器官形成、细胞凋亡、细胞增殖和甚至肿瘤发生。这些RNA RNA干扰的关键球员在这个过程。这项工作主要集中在微rna二级结构分析及其前体和建立二级结构的形成之间的关系和他们的自由能值。
主微RNA, RNA发夹前兆,茎环结构和对应分析。
小分子核糖核酸(rna)小姐是一个类的短(年龄在18岁至25岁之间核苷酸)非编码rna参与转录后基因表达的控制。通常这些小说类的监管机构的行动结果平移镇压和基因沉默1,2,3,6]。在动物细胞中,microrna基因是第一个转录只要pre - mi RNA和加工∼70元前体(pre-mi RNA)茎环结构的核糖核酸酶III酶Drosha本地化的细胞核。核处理事件后另一个核糖核酸酶的前体进入细胞质酶III帽子削减pre-mi rna释放thefunctional∼22元成熟mi rna。最后,RNA-induced沉默复合体形成调节靶基因的表达通过互补碱基对之间的交互。
以来,第一个mi RNA被发现秀丽隐杆线虫成百上千的mi rna克隆在许多生物体。然而,只有丰富的mi RNA基因可以很容易地检测到通过聚合链反应或污点北部由于技术的局限性。寻找那些低表达或组织mi RNA基因计算预测提供了一种有效的策略。到目前为止,已报告几个计算方法来确定mi rna。比较基因组学是发现小说改编的mi RNA家庭在特定的动物和植物4,7]。
数据挖掘和聚类
所有动物微rna序列从miRBASE下载,可用干循环(前体)和成熟的序列(产品)保存在两个不同的集群。进行了结构分析使用修改后的朱克的算法相比,然后被使用MFOLD结构派生。序列被安排按照升序排序最小自由能和总数量的茎环结构计算为每个序列。的数量一个u g c & gu碱基对每个序列也被计算和每个序列的削减网站也指出。被使用的动物序列:把(5],Ateles geoffroyi, Lagothrix lagotricha, Saguinus labiatus, Nasoniagiraulti, Nasonia longicornis,和Nasoniavitripennis。
对应分析(CA)
这个方法通常是用于测试的同质性列联表和被认为是密切相关的x平方分布测试。在CA的x平方分布统计数据表总是成正比的总和指向其质心的距离(总惯性),取决于如何描述点。CA分解整体x平方分布统计。在这里进行对应分析使用两个表行——二级结构图案的总数中前体及其最小自由能检查值是否均匀。
图1:茎环结构的动物在研究小分子核糖核酸。
图2:成熟的动物研究下小分子核糖核酸的结构。
图3:对应的情节成熟和阀杆循环下的动物小分子核糖核酸序列的研究。
RNA二级结构的分析表明,大多数动物有一个或多个的茎环结构在前体序列。成熟的microrna的几乎所有研究序列单回路,表示缺乏变化,也增加了结构相似的近乎完美的相似性。
成熟的自由能的范围(-11.8 + 2.2)和阀杆循环序列(-67.60 - -9.90)被发现匹配的各种报道microrna的二级结构的能量。Sundaralingam(1969)和Leontis Westhof(2003),定义了RNA图案指示和命令的数组non-Watson和克里克碱基对构成清晰的折叠phosphor-di-ester骨干互动链(9]。microrna的二级结构图案可能导致细胞中分子的整体稳定性以及确定分子的自然互动的合作伙伴可能会相互作用。我们依然在起步阶段完全理解RNA折叠的过程及其平衡参数,二级结构分析提供了一种替代方法的整体景观策略来获得新的见解。在这个自由能之间的关系分析和主题形成测试用对应分析基于最常见的一种二级结构图案,阀杆循环(8),和变量发现紧密均匀。在获得的情节——一个发夹环结构,另一个用于成熟的microrna的序列,序列的聚类质心是观察这表明他们的强大的协会。
作者承认金融贡献生物技术系的印度政府在其BTBI方案。
