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信息熵在Covid-19:全球基因组进化分析

文摘

2020年初看到COVID-19爆发引起的一种新的冠状病毒,严重急性呼吸系统综合症。理解进化基因组特征和可能的新签名——可能发生突变控制机制的发展至关重要。从这个意义上说,这项工作的重点是在三维和进化分析寻找这些蛋白质的结构地图,供以后使用签名识别的基因模式,可能是有用的在特定的药物和疫苗的发展,基于信息和基因组的进化。目的:在这个意义上,本研究旨在量化的基因组信息COVID-19序列可用GISAID(2020年2月至2020年7月),89000年通过香农信息熵的荟萃分析计算基因组序列在不同的地方和不同的年龄群体。结果:增加基因信息被确认在不同年龄组和地理位置,与所有的时间依赖性相关序列分析。这个搜索与理解基因和突变模式的变化,在这些签名的结果一个基因组地图显示颞进化模式,基于可变性,信息熵,以及信息的基因组差异(三角洲和相对熵)的绑定抗原表位,特别是高峰基因组区域(蛋白S和RBS-receptor结合位点),选择功能为目的的抗原表位,随后与其他冠状病毒源物种(骆驼、穿山甲、蝙蝠).Conclusions:使用大量信息熵的冠状病毒蛋白结合位点,我们的研究结果提供了一组选定的抗原表位,可以帮助指导实验努力SARS-CoV-2疫苗的发展。

Elidamar Nunes

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