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PhzPred吗?预测的工具吩嗪合成基因在植物生长促进假单胞菌

文摘

吩嗪是假单胞菌的菌株产生的天然产物种虫害具有抗菌活性,包括50多个色素杂环氮含次生代谢物。七个核心吩嗪生物合成的基因已经被发现在几乎所有鉴定菌株产生吩嗪化合物。在这项研究中,已经开发了一个模型来预测吩嗪生物合成的基因从一组蛋白质序列usingmachine学习算法从全基因组的假单胞菌spp。最初,假单胞菌的蛋白质序列种虫害从公共数据库和检索使用WEKA训练模型。在WEKA训练不同的分类器,三种氨基酸成分:单体氨基酸,氨基酸二肽,hybridmethod。训练模型被用于预测吩嗪合成基因在肛门提交序列。选择最好的WEKA模块是基于不同的分类器在训练和测试的性能。分类器的表现被评估基于10倍交叉验证和独立数据集验证技术。在拟议的方法,观察更好的性能的混合特征提取方法。全基因组预测工具的发展phenazinesynthesizing基因将显著影响细菌基因组注释和设计使用植物生长促进rhizobacteria农作物保护策略。

希尔帕年代,Anil保罗,Naganeeswaran年代,Hemalatha N, Rajesh该调查